More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0460 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
253 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
244 aa  149  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 
234 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
247 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
238 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
238 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
238 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
238 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
238 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.94 
 
 
394 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  37.57 
 
 
234 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  34.75 
 
 
239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31.97 
 
 
307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 
425 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
234 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  36.79 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  34.32 
 
 
239 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  34.72 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
233 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  33.67 
 
 
247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  37.1 
 
 
233 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
228 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
228 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  35.09 
 
 
245 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  37.11 
 
 
239 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  32.97 
 
 
213 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
260 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  35.48 
 
 
233 aa  101  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  38.1 
 
 
242 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.43 
 
 
240 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
242 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.78 
 
 
240 aa  99  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  31.09 
 
 
237 aa  99  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.24 
 
 
240 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.24 
 
 
240 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  34.24 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.94 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  37.23 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  27.86 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.24 
 
 
240 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
229 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.61 
 
 
240 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.61 
 
 
240 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.61 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.61 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.61 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.42 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.42 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  34.41 
 
 
237 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  34.41 
 
 
237 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
240 aa  95.5  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 
237 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  34.21 
 
 
234 aa  95.1  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.21 
 
 
234 aa  95.1  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.21 
 
 
236 aa  95.1  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  36.02 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
236 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  36.41 
 
 
224 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
237 aa  94  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  28.21 
 
 
242 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 
245 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 
245 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  36.41 
 
 
241 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  34.2 
 
 
236 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
321 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
268 aa  92.8  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  32.99 
 
 
246 aa  92.4  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 
241 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  34.24 
 
 
235 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  34.04 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
242 aa  92.4  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  32.63 
 
 
244 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 
246 aa  92  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 
241 aa  92  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  34.03 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>