More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3079 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4004  amino acid permease-associated region  85.75 
 
 		 456 aa  801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.967061  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3079  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 456 aa  916    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3425  amino acid permease-associated region  98.46 
 
 		 456 aa  904    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02383  amino acid transporter transmembrane protein  54.61 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0575  amino acid permease-associated region  45.6 
 
 		 455 aa  368  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1629  amino acid permease-associated region  36.22 
 
 		 485 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0813  amino acid permease-associated region  29.8 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3054  amino acid permease-associated region  30.73 
 
 		 506 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2756  amino acid permease-associated region  32.1 
 
 		 497 aa  176  6e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00077559 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1744  amino acid permease-associated region  28.21 
 
 		 510 aa  172  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.579439  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10330  amino acid transporter  29.71 
 
 		 553 aa  168  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5345  amino acid permease-associated region  29.66 
 
 		 513 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0773  amino acid permease-associated region  27.46 
 
 		 516 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155381  hitchhiker  0.00194225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5206  amino acid permease-associated region  28.6 
 
 		 535 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.959368  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5297  amino acid ABC transporter permease  28.6 
 
 		 535 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00229664  normal  0.376722 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4678  amino acid permease-associated region  29.63 
 
 		 508 aa  160  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0710  amino acid permease-associated region  29.53 
 
 		 513 aa  159  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0176  amino acid permease-associated region  27.52 
 
 		 512 aa  153  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120124 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0042  amino acid permease-associated region  28.15 
 
 		 507 aa  153  8e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0679  amino acid permease-associated region  27.33 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1574  amino acid permease-associated region  26.81 
 
 		 503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.573119 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0840  amino acid permease-associated region  27.48 
 
 		 511 aa  146  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4908  amino acid permease-associated region  26.62 
 
 		 484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0951  amino acid permease-associated region  25.53 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4853  amino acid permease-associated region  25.93 
 
 		 476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0877  amino acid permease-associated region  27.54 
 
 		 517 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0758  amino acid permease-associated region  27.82 
 
 		 524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2522  amino acid permease-associated region  23.72 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 475 aa  89.4  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0935  amino acid permease-associated region  21.02 
 
 		 513 aa  84.7  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  26.68 
 
 		 449 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  26.92 
 
 		 449 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  27.37 
 
 		 460 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  23.65 
 
 		 454 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  22.41 
 
 		 465 aa  77  0.0000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1487  amino acid transporter  24.65 
 
 		 452 aa  77  0.0000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.838437  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0719  amino acid permease family protein  22.95 
 
 		 469 aa  76.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.544014  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0867  amino acid permease-associated region  22.95 
 
 		 469 aa  76.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3706  hypothetical protein  24.84 
 
 		 483 aa  76.6  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.292623  normal  0.130124 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1698  amino acid permease-associated region  26.43 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.471872  normal  0.470522 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  24.11 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  27.25 
 
 		 491 aa  73.6  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  25.13 
 
 		 449 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  24.09 
 
 		 463 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  25.25 
 
 		 450 aa  71.6  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1999  amino acid permease-associated region  22.15 
 
 		 483 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1513  amino acid transporter  25.34 
 
 		 447 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.490527  hitchhiker  0.0000000124915 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  25.14 
 
 		 447 aa  70.5  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  25.75 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1792  amino acid transporter  25.34 
 
 		 447 aa  70.5  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000593149  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  26.75 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  24.11 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1963  amino acid transporter  25.34 
 
 		 447 aa  70.1  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.041678  hitchhiker  0.00000000765672 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  23.85 
 
 		 449 aa  70.1  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1492  amino acid transporter  25.34 
 
 		 447 aa  70.1  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.488484  hitchhiker  0.0000000000000168224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3736  amino acid permease-associated region  24.75 
 
 		 468 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.445667  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  23.84 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  26.69 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  23.84 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  23.84 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  22.64 
 
 		 450 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  23.84 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  28.03 
 
 		 464 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1476  amino acid transporter  25.75 
 
 		 447 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.161402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  23.45 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  23.49 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  23.49 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  23.88 
 
 		 462 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  24.26 
 
 		 461 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4210  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 467 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.281547 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 463 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  23.88 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  23.84 
 
 		 461 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3295  amino acid permease-associated region  25.65 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  23.88 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  23.58 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  23.81 
 
 		 461 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  26.2 
 
 		 464 aa  67.8  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1676  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 		 469 aa  67  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.047453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.16 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  21.85 
 
 		 495 aa  67  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1685  amino acid transporter  24.26 
 
 		 468 aa  67  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179988  normal  0.632247 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1181  amino acid permease-associated region  22.26 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  26.07 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  24.36 
 
 		 497 aa  66.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2641  amino acid permease family protein  25.16 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039324 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3074  amino acid permease family protein  24.17 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0700117  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0907  amino acid transporter  24.2 
 
 		 486 aa  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.555245  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3317  amino acid permease family protein  24.17 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.474485  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3295  amino acid permease family protein  24.17 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  27.51 
 
 		 464 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  24.01 
 
 		 456 aa  66.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  28.19 
 
 		 452 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2591  amino acid permease-associated region  22.1 
 
 		 454 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196035 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2915  amino acid permease  25.16 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3213  amino acid permease family protein  25.16 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1651  amino acid permease  24.18 
 
 		 468 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1020  amino acid permease  24.18 
 
 		 470 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1106  amino acid permease  25.21 
 
 		 469 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>