More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5297 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5297  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 
535 aa  1069    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00229664  normal  0.376722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0176  amino acid permease-associated region  92.79 
 
 
512 aa  915    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5206  amino acid permease-associated region  99.63 
 
 
535 aa  1067    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.959368  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5345  amino acid permease-associated region  98.05 
 
 
513 aa  1004    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0840  amino acid permease-associated region  59.36 
 
 
511 aa  563  1.0000000000000001e-159  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0877  amino acid permease-associated region  57.59 
 
 
517 aa  536  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10330  amino acid transporter  55.44 
 
 
553 aa  531  1e-149  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1744  amino acid permease-associated region  55.02 
 
 
510 aa  522  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.579439  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0042  amino acid permease-associated region  60.57 
 
 
507 aa  516  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0758  amino acid permease-associated region  56.63 
 
 
524 aa  503  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0679  amino acid permease-associated region  52.01 
 
 
517 aa  486  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0813  amino acid permease-associated region  50.31 
 
 
516 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0773  amino acid permease-associated region  42.22 
 
 
516 aa  359  5e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155381  hitchhiker  0.00194225 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1574  amino acid permease-associated region  40.76 
 
 
503 aa  350  5e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.573119 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4853  amino acid permease-associated region  40.82 
 
 
476 aa  344  2e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2756  amino acid permease-associated region  42.39 
 
 
497 aa  340  5e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00077559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3054  amino acid permease-associated region  41.98 
 
 
506 aa  338  9.999999999999999e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0951  amino acid permease-associated region  41.51 
 
 
494 aa  336  5e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0710  amino acid permease-associated region  35.74 
 
 
513 aa  287  4e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146713  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4678  amino acid permease-associated region  33.97 
 
 
508 aa  240  4e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4908  amino acid permease-associated region  32.98 
 
 
484 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4004  amino acid permease-associated region  29.32 
 
 
456 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.967061  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3425  amino acid permease-associated region  28.98 
 
 
456 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3079  amino acid permease-associated region  28.6 
 
 
456 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1629  amino acid permease-associated region  26.22 
 
 
485 aa  156  9e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02383  amino acid transporter transmembrane protein  27.23 
 
 
458 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0575  amino acid permease-associated region  24.48 
 
 
455 aa  98.6  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  26.16 
 
 
465 aa  83.6  0.000000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  22.02 
 
 
449 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  23.92 
 
 
462 aa  81.3  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  24.24 
 
 
466 aa  80.1  0.00000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  23.65 
 
 
460 aa  77.4  0.0000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.45 
 
 
486 aa  75.1  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1820  amino acid transport protein  25.07 
 
 
542 aa  73.2  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0544653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2516  amino acid permease-associated region  26.44 
 
 
477 aa  73.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0566  amino acid permease-associated region  26.35 
 
 
764 aa  70.9  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  24.12 
 
 
455 aa  70.1  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 
506 aa  68.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 
473 aa  69.3  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  22.35 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  23.77 
 
 
449 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3674  amino acid permease-associated region  24.79 
 
 
549 aa  67.4  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0328426  normal  0.284517 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  26.02 
 
 
463 aa  67  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  26.02 
 
 
463 aa  66.6  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1342  amino acid permease-associated region  23.71 
 
 
438 aa  66.6  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 
447 aa  66.6  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0543  amino acid permease-associated region  27.06 
 
 
456 aa  66.6  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00639269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  22.39 
 
 
443 aa  66.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.45 
 
 
456 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  22.53 
 
 
461 aa  65.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  22.86 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  23.08 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  23.81 
 
 
457 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1840  amino acid transporter  23.03 
 
 
466 aa  64.7  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  22.86 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  22.98 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  22.86 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  22.86 
 
 
461 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  22.98 
 
 
461 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  22.51 
 
 
443 aa  64.3  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2418  amino acid permease-associated region  27.64 
 
 
444 aa  64.3  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112494  normal  0.0680601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  25 
 
 
441 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  22.51 
 
 
443 aa  63.5  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  25.38 
 
 
464 aa  63.9  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2221  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 
495 aa  63.5  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000300523  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.13 
 
 
456 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  23.06 
 
 
443 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  24.47 
 
 
471 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  24.28 
 
 
443 aa  62.8  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  23.56 
 
 
443 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2797  putative amino acid transporter  25.38 
 
 
474 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520334  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  24.34 
 
 
454 aa  62.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1185  amino acid permease-associated region  23.51 
 
 
500 aa  62.8  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000031704 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  22.25 
 
 
461 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1409  cationic amino acid transporter  23.1 
 
 
464 aa  62  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.173334  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  23.83 
 
 
443 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  24.28 
 
 
480 aa  62  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  22.51 
 
 
443 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  22.51 
 
 
459 aa  61.2  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  26.26 
 
 
394 aa  61.6  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  22.94 
 
 
453 aa  61.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  22.84 
 
 
521 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 
495 aa  61.6  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  22.84 
 
 
521 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  22.84 
 
 
521 aa  60.8  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  25.56 
 
 
494 aa  60.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  24.49 
 
 
450 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 
465 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  24.87 
 
 
462 aa  60.1  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  23.49 
 
 
538 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  23.39 
 
 
443 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  30.08 
 
 
463 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  23.51 
 
 
477 aa  58.9  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  23.95 
 
 
471 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  23.95 
 
 
471 aa  58.5  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  23.95 
 
 
471 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 
465 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  22.75 
 
 
452 aa  58.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  22.75 
 
 
452 aa  58.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  22.49 
 
 
456 aa  58.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>