More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5042 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  76.92 
 
 
300 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  73.91 
 
 
299 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  57.58 
 
 
298 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  56.19 
 
 
299 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  56.61 
 
 
295 aa  324  9e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  55.23 
 
 
313 aa  321  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  57.09 
 
 
345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  55.81 
 
 
317 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  53.38 
 
 
319 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  51.66 
 
 
305 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  56.57 
 
 
325 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  53.04 
 
 
319 aa  298  6e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  56.54 
 
 
296 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  50 
 
 
301 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  50.5 
 
 
301 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 
311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  36.65 
 
 
306 aa  169  7e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  35.97 
 
 
316 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  35.97 
 
 
316 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  36.96 
 
 
316 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  36.96 
 
 
316 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  37.29 
 
 
323 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  35.31 
 
 
316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  35.5 
 
 
313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  34.43 
 
 
315 aa  152  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  36.81 
 
 
312 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  35.64 
 
 
316 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  35.48 
 
 
335 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 
305 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  33 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 
305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  38 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  34.54 
 
 
315 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  34.65 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  31.06 
 
 
339 aa  143  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  33.99 
 
 
315 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  33.67 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  35.83 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  33.67 
 
 
307 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  32.49 
 
 
324 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  29.7 
 
 
329 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  31.83 
 
 
302 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  33.91 
 
 
309 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 
314 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  31.38 
 
 
338 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  31.02 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  29.61 
 
 
309 aa  133  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1100  2-dehydropantoate 2-reductase  36.27 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0140808  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  31.07 
 
 
312 aa  132  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  32.47 
 
 
311 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  31.58 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  35.33 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  31.89 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  30.3 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  28.44 
 
 
342 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  31.19 
 
 
309 aa  123  4e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  31.9 
 
 
331 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 
310 aa  122  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  36.36 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  31.73 
 
 
310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  29.11 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  31.1 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  28.34 
 
 
316 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  29.63 
 
 
311 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 
324 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1790  2-dehydropantoate 2-reductase  32.84 
 
 
332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 
337 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 
337 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  25.73 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  37.06 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  28.35 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  29.35 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 
353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002696  2-dehydropantoate 2-reductase  27.67 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  29.13 
 
 
306 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  26.06 
 
 
313 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  28.42 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1719  2-dehydropantoate 2-reductase  32.46 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11731  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  28.25 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  28.25 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 
324 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  30.28 
 
 
324 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  27.67 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  29.81 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  30.22 
 
 
332 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2159  2-dehydropantoate 2-reductase  33.58 
 
 
312 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  28.98 
 
 
309 aa  112  6e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  26.9 
 
 
302 aa  112  6e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03288  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 
296 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4708  2-dehydropantoate 2-reductase  30.18 
 
 
289 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.392544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  29.88 
 
 
314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  28.16 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  30.22 
 
 
335 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>