More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4558 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  94.79 
 
 		 288 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  94.1 
 
 		 288 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  90.56 
 
 		 289 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  67.93 
 
 		 290 aa  359  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  68.28 
 
 		 290 aa  357  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  66.9 
 
 		 290 aa  355  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 290 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  66.9 
 
 		 311 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  57.29 
 
 		 289 aa  288  8e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  58.95 
 
 		 287 aa  288  9e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  56.94 
 
 		 289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  57.99 
 
 		 289 aa  286  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  58.6 
 
 		 288 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  56.25 
 
 		 274 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  46.48 
 
 		 290 aa  232  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 		 289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 289 aa  224  9e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  45.26 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  42.96 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 287 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 289 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  44.56 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 287 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  41.05 
 
 		 285 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 287 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 283 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.22 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 287 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.86 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.57 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.96 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.27 
 
 		 558 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.68 
 
 		 545 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  35.8 
 
 		 315 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 628 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  32.27 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>