52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0540 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0540  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000321251  hitchhiker  0.0000104132 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0544  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000992558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3914  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.201642  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3613  regulatory protein, TetR  32.21 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4541  regulatory protein, TetR  30.95 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0842313  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0451  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00762729  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3518  regulatory protein, TetR  28 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3534  hypothetical protein  28.43 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3541  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1567  TetR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 261 aa  55.1  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1288  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 211 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 266 aa  49.3  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2904  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 213 aa  48.5  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.349703 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1159  regulatory protein, TetR  32.05 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2397  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 225 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4322  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136212  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 223 aa  45.8  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1035  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 227 aa  45.4  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.168916  normal  0.097412 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5358  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 196 aa  45.4  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25838  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1262  hypothetical protein  24.76 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.683399  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2043  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 205 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4903  putative TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 200 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021531  normal  0.0222673 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0005  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0576727  normal  0.763846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 215 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  28.95 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 194 aa  43.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 224 aa  43.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 208 aa  42.7  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 211 aa  42.4  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 213 aa  42.4  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 222 aa  42.4  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 224 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 240 aa  42  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  42.4  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1323  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 207 aa  42  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 218 aa  42  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 236 aa  42  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>