159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1766 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 100 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  75.56 
 
 		 96 aa  140  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  67.78 
 
 		 96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  59.57 
 
 		 98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  58.89 
 
 		 97 aa  105  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  56.25 
 
 		 97 aa  103  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  56.82 
 
 		 115 aa  95.1  3e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  48.39 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  49.47 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  46.81 
 
 		 96 aa  89.7  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  47.37 
 
 		 97 aa  88.2  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  47.37 
 
 		 97 aa  88.2  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  45.83 
 
 		 97 aa  87  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  45.36 
 
 		 114 aa  86.7  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 102 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  51.11 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  42 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  48.39 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  47.37 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  36.27 
 
 		 102 aa  73.2  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  44.44 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  46.32 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  43.43 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  40.91 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  43.33 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  44.83 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  41.76 
 
 		 109 aa  67  0.00000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  43 
 
 		 97 aa  67  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  46.74 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  40.51 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  43.33 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  43.33 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  36.71 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1221  nucleotidyltransferase domain-containing protein  61.02 
 
 		 64 aa  64.3  0.0000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  39.53 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  36.36 
 
 		 110 aa  62  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  31 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  50.75 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  44.3 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  44.21 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  35.16 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  40.23 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  32.65 
 
 		 101 aa  60.1  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  36.08 
 
 		 99 aa  60.1  0.000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  36.79 
 
 		 113 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  47.5 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  42.67 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  36.26 
 
 		 105 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  41.38 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  39.29 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  42.67 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  40.91 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  41.03 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  44.32 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  43.04 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  39.56 
 
 		 98 aa  58.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  41.89 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  38.37 
 
 		 93 aa  57.8  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  34.48 
 
 		 113 aa  58.2  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  42.11 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  43.18 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  44.83 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  44.83 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  35.16 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  35 
 
 		 103 aa  57  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  31.03 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4395  hypothetical protein  51.02 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0622266 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  35.48 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  38.75 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  43.02 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  38.71 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  35.11 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  34.18 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  34.69 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  36.56 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 100 aa  53.5  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  32.04 
 
 		 103 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  39.24 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  33.67 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  43.48 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  33.67 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  37.37 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  44.74 
 
 		 111 aa  52.8  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  36 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  30.11 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1512  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.93 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0340826  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  37.33 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  39.47 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>