More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3744 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
412 aa  853    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.83 
 
 
410 aa  522  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  59.02 
 
 
410 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
448 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
703 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
684 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  32.42 
 
 
515 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
707 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
700 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
700 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
703 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 
665 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
450 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 
700 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
492 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
463 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
463 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
492 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  38.4 
 
 
492 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 
492 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
492 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
463 aa  159  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
671 aa  159  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 
553 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 
541 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 
541 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  33.56 
 
 
687 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
363 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
384 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
619 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  34.13 
 
 
680 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  34.48 
 
 
680 aa  143  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  29.72 
 
 
683 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 
799 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  38.36 
 
 
799 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  38.36 
 
 
797 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
490 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  32.77 
 
 
795 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  32.96 
 
 
373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
819 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.56 
 
 
630 aa  139  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
748 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  34.28 
 
 
740 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
748 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
596 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 
420 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
446 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263045  normal  0.427062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  44.93 
 
 
639 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
595 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1808  histidine kinase  35.2 
 
 
461 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
598 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1809  histidine kinase  37.3 
 
 
640 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  29.02 
 
 
671 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
594 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  34.85 
 
 
575 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  45.04 
 
 
629 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0921  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
446 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0789  histidine kinase  37.61 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  28.5 
 
 
670 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  34.85 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  34.85 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
573 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3863  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
446 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.165954  normal  0.826823 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 
801 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17340  intracellular sensory histidine protein kinase, two component  29.73 
 
 
356 aa  133  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
795 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  33.08 
 
 
598 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
795 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
1168 aa  132  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
795 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
384 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  44.27 
 
 
629 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
489 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.77 
 
 
849 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 
664 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1880  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
662 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0862215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0766  histidine kinase  37.24 
 
 
464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.701174  normal  0.667801 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
372 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1965  histidine kinase  36.47 
 
 
662 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.632766  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2833  histidine kinase  33.2 
 
 
447 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.665069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
447 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 
535 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 
468 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231222  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  31.01 
 
 
383 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  30.67 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
770 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
607 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 
370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
658 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3793  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
373 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0476  histidine kinase  33.46 
 
 
464 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
546 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  33.88 
 
 
493 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1456  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
489 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.249637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
1287 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>