More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2373 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
424 aa  860    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  43 
 
 
549 aa  242  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  40.35 
 
 
694 aa  235  1.0000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  43.06 
 
 
538 aa  230  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  37.24 
 
 
428 aa  227  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  38.62 
 
 
428 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  37.01 
 
 
430 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  34.2 
 
 
433 aa  213  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  38.84 
 
 
429 aa  210  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  39.57 
 
 
653 aa  206  5e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  39.51 
 
 
653 aa  192  9e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  37.02 
 
 
653 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  42.02 
 
 
667 aa  191  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
655 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  34.32 
 
 
509 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  37.7 
 
 
562 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  47.87 
 
 
290 aa  166  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  41.42 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  51.23 
 
 
388 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  49.38 
 
 
357 aa  152  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  50.96 
 
 
295 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  35.99 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  51.43 
 
 
312 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 
893 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 
893 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  35.03 
 
 
315 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 
638 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  32.84 
 
 
272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 
288 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  51.91 
 
 
271 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  43.71 
 
 
306 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  34.13 
 
 
783 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  51.16 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 
836 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  38.61 
 
 
291 aa  133  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_003296  RS01984  hypothetical protein  31 
 
 
898 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.931378  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  48.18 
 
 
281 aa  133  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  51.91 
 
 
510 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  45.51 
 
 
439 aa  132  9e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
1007 aa  132  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
929 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  45.11 
 
 
288 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  44.83 
 
 
284 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
619 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1972  signal transduction histidine kinase  32.66 
 
 
815 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000691031  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  46.56 
 
 
293 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  44.67 
 
 
445 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  45.86 
 
 
280 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2672  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 
619 aa  127  5e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  36.79 
 
 
920 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  43.95 
 
 
358 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  46.15 
 
 
275 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  48.74 
 
 
294 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
287 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
1260 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
1260 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  35.75 
 
 
299 aa  124  4e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.18 
 
 
285 aa  123  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  43.85 
 
 
282 aa  123  7e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  49.61 
 
 
283 aa  122  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  45.97 
 
 
271 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  45.93 
 
 
286 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  46.46 
 
 
284 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  44.78 
 
 
286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  44.62 
 
 
283 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
288 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  43.94 
 
 
283 aa  119  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.18 
 
 
686 aa  119  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  36.84 
 
 
286 aa  119  9e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  46.28 
 
 
295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  47.9 
 
 
295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  46.15 
 
 
279 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
272 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  34.52 
 
 
286 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  48.23 
 
 
361 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
737 aa  117  3e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  46.34 
 
 
370 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  42.96 
 
 
689 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  41.42 
 
 
231 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  45.27 
 
 
377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1758  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  33.81 
 
 
700 aa  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250633  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
288 aa  116  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  42.21 
 
 
292 aa  117  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  42.21 
 
 
292 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1316  anti-sigma-factor antagonist  33.09 
 
 
284 aa  116  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  38.86 
 
 
255 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4629  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
841 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  43.66 
 
 
559 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  44.62 
 
 
291 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 
1021 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  46.83 
 
 
371 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  46.09 
 
 
291 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 
715 aa  113  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 
357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  44.93 
 
 
421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  45.53 
 
 
568 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
971 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
771 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  45.83 
 
 
285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  43.07 
 
 
521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>