More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2399 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2399  transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 335 aa  623  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2208  transport system permease protein  91.1 
 
 		 339 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.2353 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2666  transport system permease protein  90.72 
 
 		 336 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.616984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0655  transport system permease protein  67.2 
 
 		 335 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355285  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2788  transport system permease protein  61.96 
 
 		 335 aa  332  6e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.890347 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2460  transport system permease protein  58.82 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  54.31 
 
 		 312 aa  279  5e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2212  transport system permease protein  60.25 
 
 		 349 aa  275  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  56.29 
 
 		 322 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0996  transport system permease protein  58.05 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4031  transport system permease protein  54.08 
 
 		 325 aa  266  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1844  transport system permease protein  58.82 
 
 		 371 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2455  transport system permease protein  58.82 
 
 		 371 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1189  putative transmembrane ABC transporter permease  59.49 
 
 		 333 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.501145  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  53.9 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0686  iron compound ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.226285  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1638  cobalamin ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1029  cobalamin ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0818949  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1036  cobalamin ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 342 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2960  cobalamin ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.259511  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2326  cobalamin ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 		 342 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.3259  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0835  iron compound ABC transporter, permease protein  59.48 
 
 		 342 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.857763  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5786  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  60.39 
 
 		 332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1577  transport system permease protein  56.39 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3756  transport system permease protein  54.46 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3501  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, inner membrane subunit  58.97 
 
 		 336 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2503  transport system permease protein  60.06 
 
 		 332 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36718  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2371  transport system permease protein  60.06 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3203  putative transmembrane ABC transporter protein,permease  50.63 
 
 		 354 aa  245  8e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0839  transport system permease protein  58.71 
 
 		 450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1461  transport system permease protein  52.15 
 
 		 323 aa  235  9e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1922  transport system permease protein  56.95 
 
 		 353 aa  225  7e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2614  transport system permease protein  49.66 
 
 		 329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  38.51 
 
 		 348 aa  192  5e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  37.91 
 
 		 348 aa  189  5e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  37.77 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1179  iron compound ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 		 325 aa  182  8.000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00674105  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  42.63 
 
 		 340 aa  182  8.000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  42.14 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  40.72 
 
 		 381 aa  176  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.94 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.78 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1720  vtamin B12-transporter permease  39.49 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2616  vtamin B12-transporter permease  39.49 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.788864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1828  vtamin B12-transporter permease  39.49 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  34.74 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  42.05 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  42.05 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  42.05 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  42.05 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  41.7 
 
 		 326 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.97 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.33 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  36.36 
 
 		 349 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  36.39 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.56 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  38.87 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  36.79 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2469  vtamin B12-transporter permease  38.28 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126831  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  36.28 
 
 		 370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  33.53 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2775  vtamin B12-transporter permease  38.68 
 
 		 345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.574344  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  38.58 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  33.44 
 
 		 344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0650  hemin transport system permease protein HmuU  33.23 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150325  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  40.12 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  36.64 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.12 
 
 		 354 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.74 
 
 		 350 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  30.61 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  35.8 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.21 
 
 		 358 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  33.44 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  35.38 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  35.61 
 
 		 371 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.94 
 
 		 356 aa  160  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.28 
 
 		 350 aa  160  4e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  40.55 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.83 
 
 		 354 aa  159  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  39.49 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.24 
 
 		 370 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  35.91 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  38.91 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  40.14 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  40.21 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  39.38 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1969  putative hemin ABC transporter, permease protein  32.6 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1602  hemin ABC transporter, permease protein, putative  32.6 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  37.85 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.11 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  37.54 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  40.14 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1787  hemin ABC transporter, permease protein, putative  32.29 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  38.23 
 
 		 345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  35.35 
 
 		 348 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  38.55 
 
 		 351 aa  156  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  38.73 
 
 		 332 aa  155  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1284  transport system permease protein  36.31 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  39.52 
 
 		 353 aa  155  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  36.36 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>