More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2788 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2788  transport system permease protein  100 
 
 		 335 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.890347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0655  transport system permease protein  84.48 
 
 		 335 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355285  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2666  transport system permease protein  60.62 
 
 		 336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.616984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2208  transport system permease protein  60.49 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.2353 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2399  transmembrane ABC transporter protein  61.96 
 
 		 335 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4031  transport system permease protein  57.91 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2212  transport system permease protein  60.54 
 
 		 349 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  55.94 
 
 		 322 aa  293  4e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2460  transport system permease protein  57.06 
 
 		 371 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0996  transport system permease protein  59.47 
 
 		 350 aa  289  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  55.59 
 
 		 312 aa  286  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1844  transport system permease protein  57.36 
 
 		 371 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2455  transport system permease protein  57.36 
 
 		 371 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3756  transport system permease protein  56.68 
 
 		 343 aa  275  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1577  transport system permease protein  54.34 
 
 		 322 aa  271  8.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3501  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, inner membrane subunit  59.64 
 
 		 336 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2503  transport system permease protein  59.24 
 
 		 332 aa  262  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36718  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2371  transport system permease protein  59.24 
 
 		 339 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1189  putative transmembrane ABC transporter permease  60.19 
 
 		 333 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.501145  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0839  transport system permease protein  59.31 
 
 		 450 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3203  putative transmembrane ABC transporter protein,permease  51.24 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1036  cobalamin ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  52.43 
 
 		 323 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2326  cobalamin ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.3259  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1029  cobalamin ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0818949  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0686  iron compound ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.226285  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1638  cobalamin ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2960  cobalamin ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.259511  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5786  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  58.6 
 
 		 332 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0835  iron compound ABC transporter, permease protein  59.94 
 
 		 342 aa  257  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.857763  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1461  transport system permease protein  50.91 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1922  transport system permease protein  55.08 
 
 		 353 aa  236  6e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2614  transport system permease protein  49.2 
 
 		 329 aa  196  6e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1179  iron compound ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00674105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  36.57 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  42.32 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  36.73 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.32 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  37.74 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  38.24 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.83 
 
 		 371 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  43.92 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  33.24 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  40.46 
 
 		 370 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.96 
 
 		 357 aa  176  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  33.74 
 
 		 348 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  38.33 
 
 		 381 aa  176  5e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  35.45 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  41.02 
 
 		 356 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1284  transport system permease protein  37.06 
 
 		 319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  35.62 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.88 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  31.56 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.46 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  38.55 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  33.74 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  38.99 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  38.99 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  38.99 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  37.85 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  42.18 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  37.63 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  38.62 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  33.54 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  41.64 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  38.49 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  34.04 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  41.05 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  35.77 
 
 		 345 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.62 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  33.85 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.08 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  32.38 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  33.33 
 
 		 357 aa  165  9e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  32.55 
 
 		 329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  33.02 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  39.17 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  31.29 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  37.67 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  38.93 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.57 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  42.76 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  36.69 
 
 		 351 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  37.77 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  37.65 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  37.87 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2469  vtamin B12-transporter permease  37.79 
 
 		 345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126831  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  39.67 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4897  transport system permease protein  38.22 
 
 		 345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357516  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.12 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  40.2 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1828  vtamin B12-transporter permease  36.93 
 
 		 335 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  35.96 
 
 		 345 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0552  transport system permease protein  36.83 
 
 		 326 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  39.22 
 
 		 351 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2616  vtamin B12-transporter permease  36.93 
 
 		 335 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.788864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1720  vtamin B12-transporter permease  36.93 
 
 		 335 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  36.26 
 
 		 350 aa  162  6e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>