More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1828 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A2616  vtamin B12-transporter permease  100 
 
 		 335 aa  650    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.788864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1828  vtamin B12-transporter permease  100 
 
 		 335 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1720  vtamin B12-transporter permease  100 
 
 		 335 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  74.03 
 
 		 335 aa  465  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2469  vtamin B12-transporter permease  69.33 
 
 		 345 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126831  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2775  vtamin B12-transporter permease  69.02 
 
 		 345 aa  410  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.574344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  66.98 
 
 		 351 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  67.46 
 
 		 333 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  68.03 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  68.03 
 
 		 326 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  68.03 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  68.03 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  68.03 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01680  vtamin B12-transporter permease  68 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0444036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1931  transport system permease protein  68 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00205827  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2429  vtamin B12-transporter permease  68.31 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1920  vtamin B12-transporter permease  67.58 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.482495 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1479  vtamin B12-transporter permease  68 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.950653 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01669  hypothetical protein  68 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.028051  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1791  vtamin B12-transporter permease  67.58 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.979653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1930  vtamin B12-transporter permease  68.62 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00226641  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1915  vtamin B12-transporter permease  67.28 
 
 		 326 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1654  vtamin B12-transporter permease  70.13 
 
 		 333 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81431  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003687  vitamin B12 ABC transporter permease component BtuC  45.45 
 
 		 337 aa  267  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02132  vtamin B12-transporter permease  45.59 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0864  vtamin B12-transporter permease  49.39 
 
 		 335 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.3 
 
 		 370 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.31 
 
 		 358 aa  193  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  41.01 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  39.58 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  39.58 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  39.58 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.36 
 
 		 354 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.99 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  38.91 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  38.91 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.51 
 
 		 371 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  36.96 
 
 		 367 aa  182  6e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  36.18 
 
 		 368 aa  182  7e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.46 
 
 		 356 aa  182  7e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  38.1 
 
 		 330 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.56 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  37.5 
 
 		 355 aa  178  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  37.82 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  39.46 
 
 		 370 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.65 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  37.02 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  41.14 
 
 		 365 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  39.64 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  35.9 
 
 		 354 aa  172  7.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.55 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  36.3 
 
 		 344 aa  172  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  37.2 
 
 		 365 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  42.76 
 
 		 341 aa  170  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 338 aa  169  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  34.42 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  34.42 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  38.78 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  34.42 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  39.22 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  34.12 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  40.48 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  34.42 
 
 		 338 aa  168  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  39.27 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  32.54 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  42.04 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  35 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  35.37 
 
 		 452 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.02 
 
 		 333 aa  166  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  40.43 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  35.61 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  34.42 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3903  transport system permease protein  33.91 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  38.18 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  40.7 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  32.99 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  36.55 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  36.24 
 
 		 361 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  40 
 
 		 329 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  36.52 
 
 		 383 aa  162  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01764  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  36.3 
 
 		 327 aa  162  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  32.59 
 
 		 330 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  40.21 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  35.92 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  40.75 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  39.86 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  37.42 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  38.49 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  31.55 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  41.11 
 
 		 345 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.81 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.71 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  32.78 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  38.79 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35.36 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  36.65 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>