80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0857 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2660  prophage LambdaMc01, lambda family portal protein  89.42 
 
 		 502 aa  865    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0857  bacteriophage-like protein  100 
 
 		 508 aa  1026    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.122714 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3207  phage portal protein, lambda family  88.66 
 
 		 499 aa  865    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2048  lambda family phage portal protein  61.27 
 
 		 494 aa  593  1e-168  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2897  lambda family phage portal protein  61.49 
 
 		 494 aa  590  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1260  lambda family phage portal protein  61.83 
 
 		 494 aa  586  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2746  lambda family phage portal protein  61.07 
 
 		 494 aa  571  1.0000000000000001e-162  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2576  lambda family phage portal protein  61.07 
 
 		 494 aa  572  1.0000000000000001e-162  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1325  lambda family phage portal protein  61.07 
 
 		 494 aa  571  1.0000000000000001e-162  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2818  lambda family phage portal protein  60.86 
 
 		 494 aa  568  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3783  bacteriophage-related protein lambda family phage portal protein  49.78 
 
 		 496 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.401598  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3359  lambda family phage portal protein  49.78 
 
 		 496 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.591009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0281  phage portal protein, lambda family  44.44 
 
 		 539 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5773  phage portal protein, lambda family  45.15 
 
 		 530 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3044  lambda family phage portal protein  45.59 
 
 		 497 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426475  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3860  phage portal protein, lambda family  45.67 
 
 		 537 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3410  portal protein  45.67 
 
 		 493 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.797214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6669  phage portal protein, lambda family  44.7 
 
 		 511 aa  375  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1197  lambda family phage portal protein  43.82 
 
 		 488 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1875  lambda family phage portal protein  42.41 
 
 		 495 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2822  lambda family phage portal protein  46.29 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.386904 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0679  Phage portal protein, lambda  39.39 
 
 		 482 aa  317  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.468195  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0733  Phage portal protein, lambda  40.52 
 
 		 487 aa  299  9e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.660834 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0808  Phage portal protein, lambda  39.66 
 
 		 511 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.343711  normal  0.0107339 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1172  phage portal protein, lambda family  38.96 
 
 		 489 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.751074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1505  lambda family phage portal protein  34.59 
 
 		 516 aa  263  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3432  lambda family phage portal protein  33.73 
 
 		 588 aa  260  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2308  lambda family phage portal protein  34.27 
 
 		 510 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0803517  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0136  lambda family phage portal protein  37.5 
 
 		 443 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6598  lambda family phage portal protein  34.18 
 
 		 512 aa  226  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2191  lambda family phage portal protein  36.07 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000483953 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4684  lambda family phage portal protein  32.07 
 
 		 500 aa  177  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.892524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3174  phage portal protein, lambda  27.83 
 
 		 536 aa  169  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0120  phage portal protein, lambda  37.1 
 
 		 281 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0615825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0412  phage-related portal protein  29.84 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1171  lambda family phage portal protein  29.61 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1151  phage-related portal protein  29.84 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1784  lambda family phage portal protein  28.54 
 
 		 431 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1204  lambda family phage portal protein  25.85 
 
 		 531 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1300  phage portal protein, lambda  27.59 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.616273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1658  lambda family phage portal protein  27.69 
 
 		 574 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805551  normal  0.257873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1142  phage portal protein, lambda family  28.61 
 
 		 515 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.57853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2254  lambda family phage portal protein  28.88 
 
 		 529 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.347018  normal  0.189888 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1062  lambda family phage portal protein  26.94 
 
 		 517 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.544007 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1070  phage portal protein lambda family  28.37 
 
 		 515 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.815422  hitchhiker  0.0000926741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1887  lambda family phage portal protein  28.51 
 
 		 556 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000167275 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1407  phage portal protein, lambda family  27.9 
 
 		 515 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  hitchhiker  0.000144883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0596  phage portal protein, lambda family  27.36 
 
 		 532 aa  126  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3203  phage portal protein, lambda family  26.73 
 
 		 500 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1863  phage portal protein, lambda family  26.73 
 
 		 500 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0694  phage portal protein, lambda family  27.25 
 
 		 511 aa  120  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000299773 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4921  lambda family phage portal protein  27.03 
 
 		 524 aa  116  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.149822 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2092  lambda family phage portal protein  26.2 
 
 		 524 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.778496  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3134  putative phage portal protein, lambda family  26.26 
 
 		 1156 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1456  phage portal protein, lambda family  24.13 
 
 		 530 aa  100  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1288  phage portal protein, lambda family  26.33 
 
 		 530 aa  99.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0370  putative phage related protein  36.21 
 
 		 210 aa  97.8  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1188  phage portal protein, lambda family  24.74 
 
 		 530 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2775  phage portal protein, lambda family  24.74 
 
 		 530 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3064  putative phage portal protein Gp17  27 
 
 		 551 aa  95.1  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0202724  hitchhiker  0.000118688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3250  phage portal protein, lambda  25.6 
 
 		 524 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0755  lambda family phage portal protein  26.23 
 
 		 524 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3599  lambda family phage portal protein  26.24 
 
 		 524 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0786  lambda family phage portal protein  26.23 
 
 		 524 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0469703 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0782  phage portal protein, lambda family  26.23 
 
 		 524 aa  90.5  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.339104 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01980  hypothetical protein  22.59 
 
 		 518 aa  90.1  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1677  phage portal protein, lambda family protein  25.63 
 
 		 519 aa  87.8  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2813  phage portal protein lambda family  23.87 
 
 		 526 aa  87  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.579589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2462  phage portal protein, lambda family  23.55 
 
 		 536 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4145  lambda family phage portal protein  22.91 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1785  phage portal protein, lambda family  20.85 
 
 		 533 aa  77  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0988466 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1622  phage portal protein, lambda family  20.85 
 
 		 533 aa  77  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0251357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2093  lambda family phage portal protein  20.64 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0127798  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10038  capsid component  20.39 
 
 		 533 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00733  hypothetical protein  20.39 
 
 		 533 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0895  phage portal protein, lambda family  27.75 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1445  lambda family phage portal protein  28.95 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2391  phage portal protein, lambda  21.93 
 
 		 538 aa  70.5  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2512  lambda family phage portal protein  25.81 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1335  Bacteriophage capsid protein-like protein  21.96 
 
 		 466 aa  46.2  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0058198 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>