More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00402 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00402  putative two component response regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 221 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00497843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  90.05 
 
 		 221 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.195761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3610  two component transcriptional regulator, winged helix family  90.05 
 
 		 221 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3910  two component transcriptional regulator  46.01 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.598174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  44.86 
 
 		 220 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 220 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.73 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  45.79 
 
 		 220 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 220 aa  178  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.95 
 
 		 219 aa  176  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4876  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.292661  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.93 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 220 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.4 
 
 		 220 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  42.52 
 
 		 219 aa  171  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.4 
 
 		 220 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.4 
 
 		 220 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 220 aa  171  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 223 aa  171  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  44.65 
 
 		 235 aa  171  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  44.86 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  44.19 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  41.12 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.65 
 
 		 218 aa  169  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  40.83 
 
 		 225 aa  169  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 224 aa  168  5e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  41.4 
 
 		 221 aa  168  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  42.13 
 
 		 232 aa  168  6e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  43.72 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  167  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 220 aa  168  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  44.65 
 
 		 221 aa  168  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1358  two component transcriptional regulator  43.26 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.42964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  43.46 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  42.13 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.2 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  39.63 
 
 		 224 aa  166  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4632  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.920872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  43.46 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  40.19 
 
 		 219 aa  165  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 219 aa  165  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.72 
 
 		 219 aa  165  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 253 aa  165  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  43.52 
 
 		 223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  42.52 
 
 		 220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  40 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5521  two component response regulator  39.25 
 
 		 218 aa  164  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  40 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  41.4 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  41.4 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 222 aa  164  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6259  two component response regulator  39.35 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1188  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  42.79 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  43.26 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4961  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.675974  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 220 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  41.98 
 
 		 221 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>