More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3610 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 221 aa  443  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.195761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3610  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 221 aa  443  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00402  putative two component response regulator transcription regulator protein  90.05 
 
 		 221 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00497843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3910  two component transcriptional regulator  48.36 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.598174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.75 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.75 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.75 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.66 
 
 		 218 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  46.01 
 
 		 220 aa  185  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.89 
 
 		 219 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.06 
 
 		 218 aa  178  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 220 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 220 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  44.34 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4876  two component transcriptional regulator  43.26 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.292661  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  45.33 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.93 
 
 		 219 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  40.93 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  40.93 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.93 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.93 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.93 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  45.33 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.93 
 
 		 219 aa  176  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  42.52 
 
 		 220 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  41.01 
 
 		 224 aa  176  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 222 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  41.12 
 
 		 222 aa  175  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 219 aa  175  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 221 aa  174  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 222 aa  174  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 220 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  45.79 
 
 		 219 aa  174  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.47 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  43.93 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.52 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1358  two component transcriptional regulator  44.19 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.42964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1465  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.556647  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  44.19 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  44.19 
 
 		 235 aa  171  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 221 aa  171  6.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.12 
 
 		 219 aa  171  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  43.72 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  41.86 
 
 		 219 aa  171  9e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  43.98 
 
 		 223 aa  170  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.47 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 220 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.47 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 220 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  41.12 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.47 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.47 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  41.86 
 
 		 221 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.47 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 220 aa  169  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  41.2 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.86 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  41.2 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 235 aa  168  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  42.33 
 
 		 227 aa  167  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  42.33 
 
 		 227 aa  167  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  40.65 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6259  two component response regulator  41.47 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  41.4 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  42.33 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 253 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2384  two component transcriptional regulator  43.26 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00270522  hitchhiker  0.0000210023 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  42.99 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>