More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5521 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5521  two component response regulator  100 
 
 		 218 aa  434  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.62 
 
 		 220 aa  218  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  46.51 
 
 		 220 aa  211  5.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 235 aa  207  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 		 220 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.79 
 
 		 219 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  48.6 
 
 		 283 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 220 aa  201  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  48.6 
 
 		 241 aa  201  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 242 aa  201  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  47.47 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  47 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  46.54 
 
 		 220 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  41.36 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.66 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  40.91 
 
 		 232 aa  195  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.95 
 
 		 218 aa  195  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  44.95 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  47.57 
 
 		 210 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 221 aa  193  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 279 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 		 224 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  43.69 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  43.69 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 219 aa  191  8e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  45.83 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.58 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 227 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  45.83 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  43.58 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 219 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.83 
 
 		 219 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 219 aa  189  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  43.12 
 
 		 221 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  43.17 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  43.12 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 218 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.91 
 
 		 227 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 221 aa  184  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.58 
 
 		 219 aa  184  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  44.24 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.29 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.52 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.52 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.52 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.52 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.52 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.74 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 221 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  43.93 
 
 		 220 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  44.29 
 
 		 221 aa  180  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 215 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6259  two component response regulator  40.28 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1188  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2066  two component transcriptional regulator QseB  42.66 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3511  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.78 
 
 		 220 aa  177  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.4 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 220 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>