More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2349 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2349  transport system permease protein  100 
 
 		 361 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.055128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  93.35 
 
 		 361 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  75.35 
 
 		 365 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  70.41 
 
 		 365 aa  418  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2410  transport system permease protein  79.5 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.442744  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  55.29 
 
 		 370 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  50.56 
 
 		 371 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  53.92 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  55.63 
 
 		 361 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  52.23 
 
 		 366 aa  275  8e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  58.05 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  48.82 
 
 		 354 aa  270  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  49.16 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  52.91 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  45.65 
 
 		 338 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  52.82 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  47.14 
 
 		 340 aa  259  4e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  44.18 
 
 		 345 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  48.99 
 
 		 326 aa  258  9e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  45.65 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  45.31 
 
 		 345 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  49.13 
 
 		 343 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  50 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  47.29 
 
 		 340 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  48.48 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  47.59 
 
 		 354 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  48.67 
 
 		 343 aa  250  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  50.65 
 
 		 362 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  50 
 
 		 357 aa  248  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  43.77 
 
 		 368 aa  246  4e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  51.82 
 
 		 379 aa  245  8e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  54.57 
 
 		 350 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  47.67 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  41.45 
 
 		 452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  50.76 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  48.06 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  42.65 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  48.06 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  48.06 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  47.59 
 
 		 338 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  45.48 
 
 		 367 aa  242  6e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  47.75 
 
 		 338 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  47.09 
 
 		 351 aa  242  9e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  47.75 
 
 		 338 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  47.75 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  48.61 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  47.75 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  38.36 
 
 		 368 aa  239  5e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  44.95 
 
 		 330 aa  238  8e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  48.26 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  47.18 
 
 		 345 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  43.43 
 
 		 347 aa  236  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  44.95 
 
 		 318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.65 
 
 		 367 aa  235  8e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  45.31 
 
 		 360 aa  231  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.2 
 
 		 390 aa  230  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.86 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  42.52 
 
 		 355 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  45.83 
 
 		 337 aa  228  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  41.54 
 
 		 330 aa  225  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  46.86 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  47.42 
 
 		 429 aa  223  3e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.31 
 
 		 338 aa  222  8e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  40.42 
 
 		 315 aa  222  9e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.35 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  39.32 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  47.26 
 
 		 367 aa  220  3e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  40.34 
 
 		 378 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  40.94 
 
 		 338 aa  219  7e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  36.84 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  38.78 
 
 		 363 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  37.06 
 
 		 330 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  50.15 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  45.2 
 
 		 345 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.23 
 
 		 350 aa  216  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3079  transport system permease protein  45.75 
 
 		 353 aa  216  7e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21025  normal  0.33846 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  46.81 
 
 		 334 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  35.43 
 
 		 346 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.79 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  43.84 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  43.84 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  45.39 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  50.78 
 
 		 345 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  38.8 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  46.31 
 
 		 329 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  51.04 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  41.26 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0603  transport system permease protein  40.47 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39796  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  38.14 
 
 		 347 aa  205  8e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  38.31 
 
 		 356 aa  205  1e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  41.03 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  41.03 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.46 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  40.47 
 
 		 341 aa  202  7e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  41.38 
 
 		 369 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1831  transport system permease protein  43.07 
 
 		 376 aa  202  9.999999999999999e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  36.42 
 
 		 383 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.88 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.01 
 
 		 362 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>