More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1861 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
273 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0078052  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3606  oxoacyl carrier protein reductase  93.44 
 
 
259 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.117732  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.66 
 
 
259 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2917  putative reductase  83.78 
 
 
259 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.88 
 
 
260 aa  293  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.730429  normal  0.182459 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
260 aa  258  8e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.529641  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
260 aa  249  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0166508  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
256 aa  248  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5444  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
256 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102615  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
261 aa  185  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.863836  normal  0.150227 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
268 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.77 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
270 aa  159  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
260 aa  158  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  158  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3818  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.86 
 
 
245 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0470155 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
252 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 
257 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
252 aa  152  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
250 aa  152  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
252 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
259 aa  149  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
260 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
252 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
278 aa  149  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
254 aa  148  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.69 
 
 
251 aa  148  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.97 
 
 
246 aa  148  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  34.78 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.02 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 
246 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
254 aa  145  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 
259 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
255 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
255 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01160  LSDR, putative  34.44 
 
 
293 aa  144  1e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
289 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  33.59 
 
 
258 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  143  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
272 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
255 aa  143  3e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.11 
 
 
258 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
257 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
254 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
260 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
257 aa  142  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.11 
 
 
251 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.75 
 
 
251 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
251 aa  142  8e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.195862  normal  0.0790399 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.75 
 
 
251 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.75 
 
 
251 aa  141  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.92 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1896  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.72 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.176277 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  34.34 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.86 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.87 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.08 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
255 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.73 
 
 
253 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
246 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
246 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.16 
 
 
251 aa  140  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
248 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.39 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
256 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
270 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
257 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
269 aa  138  7.999999999999999e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.69 
 
 
258 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.52 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.94 
 
 
253 aa  138  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
263 aa  138  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>