64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4276 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4920  NHL repeat containing protein  77.53 
 
 		 542 aa  856    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610425  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4276  NHL repeat-containing protein  100 
 
 		 543 aa  1085    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4246  NHL repeat-containing protein  79.37 
 
 		 542 aa  882    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359028  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0329  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  52.45 
 
 		 553 aa  515  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2800  NHL repeat-containing protein  46.36 
 
 		 538 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350365  normal  0.74213 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1635  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  46.44 
 
 		 545 aa  440  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4495  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.22 
 
 		 538 aa  187  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4408  NHL repeat-containing protein  30.22 
 
 		 538 aa  187  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3693  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.57 
 
 		 531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0345166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4789  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.09 
 
 		 550 aa  184  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0275  hypothetical protein  29.47 
 
 		 502 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1786  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.95 
 
 		 526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.222131 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4964  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.55 
 
 		 529 aa  163  9e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4866  NHL repeat containing protein  29.49 
 
 		 510 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2610  hypothetical protein  36.65 
 
 		 302 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000643636  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  21.19 
 
 		 668 aa  56.2  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  33.56 
 
 		 365 aa  55.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1414  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.34 
 
 		 279 aa  53.5  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.853392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2867  putative hydrolase  25.11 
 
 		 291 aa  52.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.618426  normal  0.632922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  26.59 
 
 		 732 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1750 aa  50.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1834 aa  50.8  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1858  serine/threonine-protein kinase  28.83 
 
 		 274 aa  50.4  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.129879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  28.67 
 
 		 850 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.14 
 
 		 316 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  26.54 
 
 		 1667 aa  48.5  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06130  hypothetical protein  25.86 
 
 		 316 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772958  decreased coverage  0.00656931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0574  hypothetical protein  25 
 
 		 316 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.30321  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10949  transmembrane serine/threonine-protein kinase D pknD  35.48 
 
 		 664 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.13 
 
 		 333 aa  48.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.25 
 
 		 612 aa  47.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.71 
 
 		 275 aa  47.8  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  25.88 
 
 		 408 aa  47.4  0.0008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4185  serine/threonine protein kinase  26.73 
 
 		 719 aa  46.6  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3293  strictosidine synthase  43.64 
 
 		 367 aa  47  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894775  normal  0.62202 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  24.46 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3159  NHL repeat containing protein  28.33 
 
 		 372 aa  45.8  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  25.37 
 
 		 381 aa  46.2  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1898  putative hydrolase  28.46 
 
 		 299 aa  45.4  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.305143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3680  putative hydrolase transmembrane protein  24.52 
 
 		 331 aa  45.4  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.592047  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  19.54 
 
 		 627 aa  45.1  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.8 
 
 		 612 aa  45.1  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0969  gluconolactonase  32.88 
 
 		 304 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  32.47 
 
 		 498 aa  44.7  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2118  putative gluconolactonase precursor  40.28 
 
 		 306 aa  45.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0176891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2063  NHL repeat containing protein  24.82 
 
 		 652 aa  44.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5618  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.72 
 
 		 306 aa  45.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8319  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.33 
 
 		 306 aa  44.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0248  putative hydrolase transmembrane protein  29.85 
 
 		 335 aa  44.3  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  25.68 
 
 		 1030 aa  44.3  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0980  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.29 
 
 		 445 aa  43.9  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7126  serine/threonine protein kinase  28.24 
 
 		 770 aa  43.9  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4136  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 		 306 aa  43.9  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.74 
 
 		 314 aa  43.9  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4144  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  45.45 
 
 		 309 aa  43.9  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2917  NHL repeat containing protein  28.48 
 
 		 623 aa  43.9  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.304592  normal  0.453442 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  27.62 
 
 		 335 aa  43.5  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.89 
 
 		 357 aa  43.5  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3858  hydrolase  27.68 
 
 		 280 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3844  hydrolase  27.68 
 
 		 280 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0281491 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  23.49 
 
 		 1351 aa  43.9  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3932  hydrolase  27.68 
 
 		 280 aa  43.5  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0408  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.53 
 
 		 693 aa  43.5  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785735  normal  0.15039 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0014  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24 
 
 		 294 aa  43.5  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>