91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0248 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0248  putative hydrolase transmembrane protein  100 
 
 		 335 aa  674    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1990  streptogramin lyase  31.54 
 
 		 326 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.573521  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1421  streptogramin lyase  29.7 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1431  lyase precursor-like  30.97 
 
 		 416 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000675912  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0277  streptogramin lyase  27.12 
 
 		 326 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0306728  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1989  streptogramin lyase gluconolactonase family  28.24 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3680  putative hydrolase transmembrane protein  28.57 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.592047  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02985  putative hydrolase transmembrane protein  25 
 
 		 349 aa  105  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.168534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5477  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  24.84 
 
 		 351 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.521709 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0222  hypothetical protein  24.01 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.640849  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1220  hypothetical protein  24.01 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124677  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1728  hypothetical protein  24.29 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0868275  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0365  hypothetical protein  24.01 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.860395  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0053  hypothetical protein  24.01 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1063  hypothetical protein  24.01 
 
 		 657 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1192  hypothetical protein  24.65 
 
 		 667 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.251244  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1639  hypothetical protein  23.73 
 
 		 657 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1558  hydrolase  26.79 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7528  putative hydrolase  25.66 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0701263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1749  hypothetical protein  25.09 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000980915  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3276  lyase-like protein  25.25 
 
 		 377 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2738  twin-arginine translocation pathway signal  24.13 
 
 		 359 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1652  copper resistance D domain-containing protein  23.27 
 
 		 927 aa  84  0.000000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1889  hydrolase  33 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3858  hydrolase  28.99 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3844  hydrolase  28.99 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0281491 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3932  hydrolase  28.99 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3155  putative antibiotic hydrolase signal peptide protein  25.66 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2867  putative hydrolase  26.15 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.618426  normal  0.632922 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0141  lyase-like protein  26.72 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1898  putative hydrolase  24.36 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.305143 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1097  Kelch repeat-containing protein  26.47 
 
 		 1557 aa  69.3  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612946  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1671  hypothetical protein  21.67 
 
 		 524 aa  67  0.0000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3789  putative hydrolase  24.11 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00804259  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.2 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1199  hypothetical protein  23.64 
 
 		 533 aa  57  0.0000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0574  hypothetical protein  25.61 
 
 		 316 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.30321  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06130  hypothetical protein  24.28 
 
 		 316 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772958  decreased coverage  0.00656931 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10949  transmembrane serine/threonine-protein kinase D pknD  27.14 
 
 		 664 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.3 
 
 		 330 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10998  PE-PGRS family protein  26.56 
 
 		 457 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104383  normal  0.995085 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  25.21 
 
 		 387 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1052  hypothetical protein  26.06 
 
 		 827 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.255534 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.09 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.34 
 
 		 819 aa  50.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4246  NHL repeat-containing protein  28.38 
 
 		 542 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359028  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.64 
 
 		 327 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5817  hypothetical protein  26.06 
 
 		 272 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.760782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  21.4 
 
 		 346 aa  49.7  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.87 
 
 		 333 aa  49.3  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.3 
 
 		 328 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2094  hypothetical protein  24.34 
 
 		 343 aa  49.3  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0604  hypothetical protein  22.59 
 
 		 310 aa  49.3  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.39 
 
 		 354 aa  48.9  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 362 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2728  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.75 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171718  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  24.85 
 
 		 668 aa  48.5  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.23 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  23.14 
 
 		 1024 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  31.52 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  24.23 
 
 		 430 aa  47.4  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4436  hypothetical protein  26.47 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0659418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 		 1276 aa  46.6  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.06 
 
 		 354 aa  46.2  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.77 
 
 		 324 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5035  NHL repeat containing protein  27.2 
 
 		 455 aa  46.6  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0114728  decreased coverage  0.00343119 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25 
 
 		 1114 aa  46.2  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10996  PE-PGRS family protein  28.45 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.7191000000000003e-35  normal  0.547752 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0923  NHL repeat-containing protein  23.28 
 
 		 379 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2572  hypothetical protein  22.03 
 
 		 1608 aa  45.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3109  NHL repeat containing protein  22.82 
 
 		 355 aa  44.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.11 
 
 		 1949 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0841  NHL repeat containing protein  26.42 
 
 		 621 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.81979 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.73 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.6 
 
 		 311 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.18 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  24.65 
 
 		 487 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4276  NHL repeat-containing protein  29.85 
 
 		 543 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1627  hypothetical protein  29.01 
 
 		 451 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3464  hypothetical protein  26.58 
 
 		 640 aa  43.9  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4185  serine/threonine protein kinase  25.6 
 
 		 719 aa  43.5  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13557  hypothetical protein  27.78 
 
 		 343 aa  43.5  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000762607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5077  hypothetical protein  26.22 
 
 		 1009 aa  43.1  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.101156  normal  0.100954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0329  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.25 
 
 		 553 aa  43.5  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  25 
 
 		 491 aa  43.1  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  20.49 
 
 		 307 aa  43.1  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  23.93 
 
 		 732 aa  43.1  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  22.64 
 
 		 831 aa  42.7  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.75 
 
 		 353 aa  42.7  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  25.94 
 
 		 695 aa  42.7  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 335 aa  42.7  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>