More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3433 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  86.44 
 
 		 177 aa  314  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  85.31 
 
 		 177 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  84.75 
 
 		 177 aa  310  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  81.92 
 
 		 177 aa  302  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  82.49 
 
 		 177 aa  301  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  79.66 
 
 		 177 aa  293  8e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 		 177 aa  260  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  260  6.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  259  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  259  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  70.62 
 
 		 177 aa  257  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  67.8 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  67.8 
 
 		 177 aa  245  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 		 177 aa  243  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  241  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  241  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  241  6e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  234  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  234  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  231  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  226  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  223  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  223  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  221  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  222  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  59.32 
 
 		 177 aa  220  6e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  220  7e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  209  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  208  3e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  207  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  207  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  206  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  206  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  205  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  204  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  204  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  204  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  204  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  202  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  201  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  200  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  197  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 175 aa  198  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  195  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 		 178 aa  194  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  194  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  53.14 
 
 		 178 aa  192  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  190  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3934  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3323  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00060748  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  187  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0616  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  187  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5055  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0037225  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  50.56 
 
 		 178 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2159  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302064  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl138  50S ribosomal protein L6  53.41 
 
 		 180 aa  184  4e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  184  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001727  LSU ribosomal protein L6p (L9e)  53.11 
 
 		 177 aa  185  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000194026  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  51.41 
 
 		 176 aa  184  7e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  49.71 
 
 		 178 aa  184  8e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  184  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0335  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  183  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000240759  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0298  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000138851  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3899  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139368  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000512294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2824  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0379678  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000922994  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0598  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000013887  normal  0.735029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>