More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2309 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  100 
 
 
178 aa  358  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  65.73 
 
 
177 aa  240  6e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  64.04 
 
 
177 aa  237  8e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  63.48 
 
 
177 aa  237  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  63.48 
 
 
177 aa  237  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  67.6 
 
 
177 aa  236  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  65.17 
 
 
177 aa  233  8e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  62.92 
 
 
177 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  62.92 
 
 
177 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  62.92 
 
 
177 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  62.92 
 
 
177 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  62.92 
 
 
177 aa  229  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  62.36 
 
 
177 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  60.67 
 
 
177 aa  227  5e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  63.48 
 
 
177 aa  226  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  61.24 
 
 
177 aa  221  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  58.99 
 
 
177 aa  219  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0499  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
177 aa  214  5e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000112242  normal  0.0683389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2357  50S ribosomal protein L6  60.67 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.700236  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0504  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00191336  hitchhiker  0.0041563 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
176 aa  210  9e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
177 aa  209  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  60.11 
 
 
175 aa  209  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06400  50S ribosomal protein L6  65.13 
 
 
152 aa  207  8e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0011591  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  58.99 
 
 
176 aa  207  8e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3323  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
177 aa  206  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00060748  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0294  50S ribosomal protein L6P  57.3 
 
 
177 aa  206  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000550047  hitchhiker  0.00000213592 
 
 
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
175 aa  205  2e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
175 aa  205  3e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  205  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000512294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  58.99 
 
 
177 aa  204  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  204  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  58.99 
 
 
177 aa  204  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2824  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  203  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0379678  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0782  ribosomal protein L6  56.74 
 
 
177 aa  202  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000462697  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  57.95 
 
 
178 aa  202  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
177 aa  202  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  55.56 
 
 
174 aa  201  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  55.56 
 
 
174 aa  201  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3629  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000298442  hitchhiker  0.0000000000176204 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0282  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
176 aa  201  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00574931  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  59.55 
 
 
176 aa  201  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0616  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  201  6e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0342  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
176 aa  200  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157965  normal  0.0125773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2744  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
176 aa  200  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000130297  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0363  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
176 aa  200  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000934657  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2617  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00663642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3761  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0024508  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3731  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000218121  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1939  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0207492  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3154  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0206863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3493  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3789  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  200  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1037  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000958163  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0396  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0491976  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0388  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000757352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0291  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000875703  normal  0.0218003 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0075  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0536854  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2318  ribosomal protein L6  57.95 
 
 
179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000220779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  53.37 
 
 
177 aa  198  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
177 aa  198  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3462  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
176 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000287307  decreased coverage  0.00473222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
177 aa  198  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  197  5e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  56.82 
 
 
178 aa  197  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
177 aa  197  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  57.87 
 
 
177 aa  197  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1839  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  196  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0352  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
178 aa  196  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000344085  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000010053  hitchhiker  0.00000000158568 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0125  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315024  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0146  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000964591  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0125  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0121  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0119  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000265093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0137  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.83996e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0125  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00622633  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000640948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0156  50S ribosomal protein L6  58.43 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000162457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  195  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5055  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 
177 aa  195  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0037225  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  52.81 
 
 
177 aa  195  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5180  50S ribosomal protein L6  57.39 
 
 
179 aa  195  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000519907  unclonable  1.81149e-25 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
177 aa  195  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
176 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 
177 aa  194  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  58.66 
 
 
176 aa  194  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  53.37 
 
 
177 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>