111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2382 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0756  PepSY-associated TM helix  78.3 
 
 		 439 aa  687    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2382  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 428 aa  867    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138441  normal  0.964791 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  63.98 
 
 		 433 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  63.1 
 
 		 430 aa  546  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  63.57 
 
 		 433 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  51.71 
 
 		 446 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  48.22 
 
 		 433 aa  393  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.5 
 
 		 409 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.95 
 
 		 403 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  44.69 
 
 		 428 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  44.02 
 
 		 408 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  41.5 
 
 		 411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  42.11 
 
 		 408 aa  326  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.29 
 
 		 412 aa  316  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 412 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.73 
 
 		 412 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.29 
 
 		 412 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  38.2 
 
 		 392 aa  262  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  36.1 
 
 		 382 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32750  hypothetical protein  35.85 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196352  hitchhiker  0.0000232684 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  33.56 
 
 		 427 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  28.41 
 
 		 432 aa  161  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  25.46 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  27.46 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  27.78 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.07 
 
 		 385 aa  94  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.87 
 
 		 385 aa  92.8  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.38 
 
 		 394 aa  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  24.7 
 
 		 381 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  23.37 
 
 		 408 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.46 
 
 		 425 aa  83.2  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.79 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.34 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.32 
 
 		 444 aa  78.2  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.71 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.24 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  26.23 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.19 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  23.98 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.41 
 
 		 410 aa  67  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.26 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.22 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  23.75 
 
 		 406 aa  66.2  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  24.42 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.53 
 
 		 849 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  23.15 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  22.37 
 
 		 471 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  22.37 
 
 		 471 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.99 
 
 		 850 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.95 
 
 		 382 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  31.71 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  23.69 
 
 		 840 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.58 
 
 		 850 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  23.37 
 
 		 543 aa  58.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.73 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.79 
 
 		 851 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  22.61 
 
 		 454 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  21.95 
 
 		 377 aa  57  0.0000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  21.22 
 
 		 455 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.12 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  20.79 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  20.95 
 
 		 455 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  22.07 
 
 		 459 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  31.22 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  21.06 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  21.8 
 
 		 455 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  22.9 
 
 		 371 aa  53.5  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  19.06 
 
 		 372 aa  53.9  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.61 
 
 		 410 aa  53.9  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  19.11 
 
 		 459 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.83 
 
 		 843 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 482 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  21.52 
 
 		 822 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  23.69 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.46 
 
 		 376 aa  49.7  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  25 
 
 		 850 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  23.36 
 
 		 397 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  22.63 
 
 		 371 aa  48.9  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.49 
 
 		 398 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.27 
 
 		 525 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  24.19 
 
 		 380 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  24.19 
 
 		 380 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  22.94 
 
 		 457 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.23 
 
 		 844 aa  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.02 
 
 		 842 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  29.27 
 
 		 529 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  23.99 
 
 		 490 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.62 
 
 		 377 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2159  peptidase  28.67 
 
 		 474 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 539 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  19.2 
 
 		 437 aa  47  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  20.67 
 
 		 496 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  22.75 
 
 		 470 aa  46.6  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  19.92 
 
 		 381 aa  46.2  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.27 
 
 		 374 aa  46.6  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  18.48 
 
 		 363 aa  45.8  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.27 
 
 		 464 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.04 
 
 		 575 aa  45.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  42.86 
 
 		 1117 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>