42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3315 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3315  Phage tail tape measure protein  100 
 
 		 858 aa  1670    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157558  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0888  TP901 family phage tail tape measure protein  32.59 
 
 		 757 aa  194  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.322682  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1604  hypothetical protein  61.95 
 
 		 134 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993744  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  31.92 
 
 		 781 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  30.36 
 
 		 743 aa  115  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3078  hypothetical protein  61.96 
 
 		 116 aa  103  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3196  phage tail tape measure protein, TP901 family  26.79 
 
 		 959 aa  87  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2350  TP901 family phage tail tape measure protein  25.49 
 
 		 971 aa  84.3  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.5162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0946  phage tail tape measure protein  27.84 
 
 		 1025 aa  75.1  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2303  TP901 family phage tail tape measure protein  26.99 
 
 		 971 aa  70.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.841337  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2753  TP901 family phage tail tape measure protein  27.3 
 
 		 1025 aa  70.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000729903 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3027  phage tail tape measure protein  30.45 
 
 		 935 aa  67.4  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000444183 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2400  phage protein  35.33 
 
 		 1297 aa  66.6  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2844  phage tail tape measure protein  29.95 
 
 		 935 aa  67  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1076  tail tape meausure protein, putative  58.93 
 
 		 974 aa  65.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2489  phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1025 aa  60.8  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0550  TP901 family phage tail tape measure protein  29.53 
 
 		 969 aa  59.7  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2660  phage tail tape measure protein, TP901 family  27.98 
 
 		 1032 aa  58.2  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0181  putative phage-related tail transmembrane protein  40.43 
 
 		 919 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1070  TP901 family phage tail tape measure protein  24.91 
 
 		 2066 aa  55.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.917843  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1091  TP901 family phage tail tape measure protein  24.91 
 
 		 2066 aa  55.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1993  hypothetical protein  71.43 
 
 		 191 aa  55.1  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0769561  hitchhiker  0.00451154 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3128  hypothetical protein  66.67 
 
 		 193 aa  53.1  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1312  hypothetical protein  40.91 
 
 		 472 aa  52.8  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4860  putative phage-related tail transmembrane protein  33.86 
 
 		 920 aa  51.6  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582054  normal  0.698632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2562  TP901 family phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1183 aa  51.2  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.881784  normal  0.265945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5175  TP901 family phage tail tape measure protein  23.2 
 
 		 1152 aa  51.2  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1338  TP901 family phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1183 aa  51.2  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.413563 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3691  hypothetical protein  40.7 
 
 		 902 aa  50.8  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2733  TP901 family phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1183 aa  51.2  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.332181  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1272  TP901 family phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1183 aa  50.8  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574053 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2882  TP901 family phage tail tape measure protein  27.35 
 
 		 1183 aa  50.4  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.143408  normal  0.327483 
 
 
-
 
NC_002978  WD0570  prophage P2W3, tail tape measure protein  26.12 
 
 		 680 aa  49.7  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2034  TP901 family phage tail tape measure protein  26.15 
 
 		 1183 aa  49.7  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.5433  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0929  hypothetical protein  69.7 
 
 		 174 aa  50.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.333514 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  58.54 
 
 		 957 aa  49.3  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2805  TP901 family phage tail tape measure protein  27.55 
 
 		 1183 aa  49.3  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37360  Phage TMP domain-containing protein  31.79 
 
 		 1078 aa  48.5  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  62.5 
 
 		 991 aa  47.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2248  TP901 family phage tail tape measure protein  28.25 
 
 		 914 aa  46.6  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.678247  hitchhiker  0.00399711 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0079  TP901 family phage tail tape measure protein  31.54 
 
 		 987 aa  45.4  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1637  SLT domain-containing protein  23.5 
 
 		 1736 aa  44.7  0.007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>