More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0232 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  87.04 
 
 		 517 aa  944    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 517 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  65.25 
 
 		 526 aa  698    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  35.22 
 
 		 527 aa  287  4e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.66 
 
 		 502 aa  217  5e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  29.12 
 
 		 513 aa  211  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 		 513 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  29.94 
 
 		 518 aa  209  8e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  31.55 
 
 		 519 aa  205  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.51 
 
 		 520 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 528 aa  204  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  29.09 
 
 		 513 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 490 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 509 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  28.35 
 
 		 514 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 		 534 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 514 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.9 
 
 		 535 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 520 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 510 aa  193  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 519 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 500 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  29.09 
 
 		 495 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.47 
 
 		 532 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 520 aa  186  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.45 
 
 		 521 aa  186  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.45 
 
 		 521 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.45 
 
 		 521 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.45 
 
 		 521 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.62 
 
 		 513 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 521 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  30.83 
 
 		 520 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 512 aa  184  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 		 517 aa  183  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  27.05 
 
 		 512 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 512 aa  182  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.54 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.36 
 
 		 509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.87 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.87 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.87 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.01 
 
 		 512 aa  180  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.01 
 
 		 512 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.87 
 
 		 512 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.01 
 
 		 512 aa  180  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 521 aa  180  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  27.01 
 
 		 512 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  27.01 
 
 		 512 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 		 503 aa  179  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.27 
 
 		 493 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.81 
 
 		 512 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.81 
 
 		 512 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2510  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 519 aa  176  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.89 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  28.66 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 516 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.11 
 
 		 524 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 512 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.64 
 
 		 541 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 503 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  30.21 
 
 		 517 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  29.42 
 
 		 502 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.57 
 
 		 490 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  31.74 
 
 		 517 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.57 
 
 		 531 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 		 520 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 520 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.41 
 
 		 520 aa  170  5e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  29.69 
 
 		 521 aa  170  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.8 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.5 
 
 		 517 aa  169  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 505 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 501 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  27.36 
 
 		 520 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2763  extracellular solute-binding protein family 5  28.96 
 
 		 518 aa  166  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 525 aa  166  6.9999999999999995e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  27.89 
 
 		 495 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.26 
 
 		 540 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  26.75 
 
 		 553 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.66 
 
 		 508 aa  163  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 528 aa  163  7e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.42 
 
 		 516 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 540 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.4 
 
 		 525 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  29.02 
 
 		 540 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 493 aa  162  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 509 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 509 aa  161  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.27 
 
 		 532 aa  160  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  27.18 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.18 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5083  4-phytase  29.51 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.116329 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.18 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>