More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3304 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  642    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  94.63 
 
 		 298 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  69.7 
 
 		 297 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 297 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  67.58 
 
 		 299 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  65.1 
 
 		 309 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  63.89 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 294 aa  384  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 294 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  63.14 
 
 		 298 aa  378  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  62.8 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 294 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 294 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 294 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 299 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.27 
 
 		 298 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 304 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  55.14 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 323 aa  316  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 307 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 308 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 299 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 297 aa  296  3e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  48.32 
 
 		 300 aa  282  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 294 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 297 aa  278  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 294 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  46.55 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 314 aa  256  5e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.59 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 318 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5379  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4891  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2987  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3358  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0114591 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  35.52 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>