More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2874 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  96.04 
 
 		 303 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 		 305 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  81.33 
 
 		 308 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  80.67 
 
 		 308 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  80 
 
 		 309 aa  497  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  79.33 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  78.22 
 
 		 305 aa  488  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  51.67 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 329 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  308  8e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  47.02 
 
 		 310 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  46 
 
 		 310 aa  285  7e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  43 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 222 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.59 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  29.11 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  89  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  24.19 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  28.82 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 317 aa  85.5  9e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  22.45 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  25.7 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7661  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  22.04 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.38 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  26.36 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.14 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  23.45 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  22.04 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  22.04 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>