83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4396 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 343 aa  665    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  97.94 
 
 		 351 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  97.35 
 
 		 351 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  92.01 
 
 		 343 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  78.43 
 
 		 343 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  76.25 
 
 		 344 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  75.66 
 
 		 344 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4769  hypothetical protein  67.35 
 
 		 345 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54580  hypothetical protein  67.64 
 
 		 345 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000205285  normal  0.0470051 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  56.97 
 
 		 340 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  55.49 
 
 		 364 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  40.51 
 
 		 371 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  39.3 
 
 		 352 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  38.53 
 
 		 364 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  38.44 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  39.06 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  27.41 
 
 		 389 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  28.98 
 
 		 352 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  26.55 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  26.33 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  28.76 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  26.27 
 
 		 384 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  29.57 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  26.62 
 
 		 352 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  25.95 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  30.2 
 
 		 338 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  24.71 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  27.09 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  24.32 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  27.02 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  28.45 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  26.32 
 
 		 362 aa  67.8  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  28.9 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  26.76 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  25.53 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1772  membrane protein AbrB duplication  27.95 
 
 		 365 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.768423 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  26.95 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  25.61 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  24.37 
 
 		 343 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  24.56 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  28.11 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  23.63 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  28.7 
 
 		 366 aa  59.7  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  32.9 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  26.62 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  27.15 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  26.03 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  26.03 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  26.03 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  26.03 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  26.03 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  26.28 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  26.03 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  27.82 
 
 		 355 aa  57  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  22.68 
 
 		 342 aa  57.4  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  25.94 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  30.83 
 
 		 367 aa  57  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  25.68 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  25.6 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  27.53 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  27.33 
 
 		 402 aa  56.2  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  23.47 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  25.43 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4903  putative ammonia monooxygenase  25.62 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.080717  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  30.89 
 
 		 355 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  25.6 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  25.94 
 
 		 348 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  31.28 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  30.77 
 
 		 351 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  30.77 
 
 		 351 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  26.12 
 
 		 361 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  28.35 
 
 		 354 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  27.65 
 
 		 354 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  24.91 
 
 		 373 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  22.78 
 
 		 357 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  22.78 
 
 		 357 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  25.43 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  30.39 
 
 		 349 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  25.93 
 
 		 374 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  25.47 
 
 		 367 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  28.68 
 
 		 355 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  25.3 
 
 		 402 aa  43.9  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  25.74 
 
 		 162 aa  43.5  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>