More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3374 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  69.28 
 
 		 301 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 418 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  32.82 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  32.82 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.32 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 302 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 311 aa  98.2  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.8 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.96 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.69 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 313 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>