115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3038 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  74.65 
 
 		 431 aa  688    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  100 
 
 		 431 aa  900    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000893  hypothetical protein  64.49 
 
 		 435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  29.21 
 
 		 467 aa  202  8e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  29.52 
 
 		 480 aa  180  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  30.09 
 
 		 480 aa  176  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  31.44 
 
 		 473 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  30.05 
 
 		 480 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  28.34 
 
 		 480 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  27.73 
 
 		 479 aa  153  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  28.15 
 
 		 470 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  28.02 
 
 		 479 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  28.02 
 
 		 479 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  28.02 
 
 		 479 aa  151  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  28.3 
 
 		 798 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  28.27 
 
 		 479 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  26.7 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  27.34 
 
 		 481 aa  144  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  27.73 
 
 		 471 aa  142  9e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  28.28 
 
 		 482 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  26.55 
 
 		 472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  26.07 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  28 
 
 		 488 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  27.36 
 
 		 482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  26.61 
 
 		 470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  27.23 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  26.71 
 
 		 488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  27.89 
 
 		 445 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  29.79 
 
 		 438 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  29.31 
 
 		 476 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  28.37 
 
 		 459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  28.57 
 
 		 477 aa  120  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  27.08 
 
 		 482 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  27.33 
 
 		 445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  26.42 
 
 		 435 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  26.98 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  26.51 
 
 		 478 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  26.69 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  26.8 
 
 		 476 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  24.88 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  28.44 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  25.36 
 
 		 436 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  27.88 
 
 		 447 aa  106  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  28.25 
 
 		 475 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  28.28 
 
 		 479 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  26.83 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  28.28 
 
 		 479 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  28.73 
 
 		 478 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  28.73 
 
 		 478 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  25.78 
 
 		 492 aa  103  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  28.6 
 
 		 478 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  26.77 
 
 		 465 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  26.73 
 
 		 436 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  25.39 
 
 		 482 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  26.34 
 
 		 474 aa  101  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  27.56 
 
 		 432 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 473 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  25.12 
 
 		 432 aa  100  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  26.19 
 
 		 472 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  26.17 
 
 		 464 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  27.23 
 
 		 485 aa  94.7  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  25.93 
 
 		 469 aa  93.6  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  25.93 
 
 		 512 aa  93.2  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  24.84 
 
 		 465 aa  90.9  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  24.17 
 
 		 490 aa  89  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  23.36 
 
 		 462 aa  86.7  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  25 
 
 		 423 aa  86.3  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  24.88 
 
 		 488 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  22.9 
 
 		 542 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6394  hypothetical protein  23.78 
 
 		 491 aa  83.2  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  23.7 
 
 		 479 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  23.82 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  22.6 
 
 		 493 aa  77  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  31.67 
 
 		 465 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  34.81 
 
 		 421 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3376  putative lipoprotein  26.24 
 
 		 406 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00752899  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  26.63 
 
 		 487 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  31.07 
 
 		 478 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  29.14 
 
 		 484 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  25.44 
 
 		 491 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  34.62 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1116  protein of unknown function DUF1254  31.25 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  20.95 
 
 		 467 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  23.48 
 
 		 482 aa  61.6  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  34.65 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  29.5 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1114  protein of unknown function DUF1254  32.04 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2980  hypothetical protein  23.58 
 
 		 466 aa  56.6  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.125715  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1083  protein of unknown function DUF1214  31.61 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.1345  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3037  hypothetical protein  21.52 
 
 		 496 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.533722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5159  hypothetical protein  29.31 
 
 		 344 aa  54.3  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1476  protein of unknown function DUF1214  31.25 
 
 		 336 aa  54.3  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  31.21 
 
 		 449 aa  53.9  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3377  putative lipoprotein  31.9 
 
 		 499 aa  52.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  21.54 
 
 		 452 aa  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>