More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0781 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 299 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  87.96 
 
 		 299 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 293 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  52.12 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  51.36 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  51.35 
 
 		 300 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  47.81 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  38.95 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.35 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  32.35 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  32.35 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  38.69 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  31.86 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 366 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  31.86 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  31.86 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  31.86 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  32.04 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 311 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  29.28 
 
 		 267 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 243 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  41.67 
 
 		 241 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  42.28 
 
 		 243 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  42.28 
 
 		 243 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 243 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 243 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  31.6 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  39.84 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  31.6 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  31.6 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  43.33 
 
 		 247 aa  89.4  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  40.83 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  40.83 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  48.1 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  25.31 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.95 
 
 		 319 aa  75.5  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.05 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  44.59 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  24.17 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  24.78 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  31.87 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  24.78 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 333 aa  69.3  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.1 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  29.03 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.16 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  30.09 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1614  MerR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 169 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000141352  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  25.93 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1232  HTH-type transcriptional regulator MlrA  31.96 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  36.89 
 
 		 154 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>