88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1232 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1232  HTH-type transcriptional regulator MlrA  100 
 
 
179 aa  366  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  99.42 
 
 
243 aa  348  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.773319 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  98.84 
 
 
243 aa  345  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  98.84 
 
 
243 aa  345  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  98.84 
 
 
243 aa  345  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  98.84 
 
 
243 aa  345  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  98.84 
 
 
243 aa  345  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3252  hypothetical protein  98.84 
 
 
215 aa  343  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000472295 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  86.05 
 
 
243 aa  310  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  86.05 
 
 
243 aa  310  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  86.05 
 
 
243 aa  310  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  86.05 
 
 
243 aa  310  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  85.47 
 
 
243 aa  306  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  79.53 
 
 
243 aa  287  7e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  43.89 
 
 
243 aa  162  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  43.89 
 
 
243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  43.89 
 
 
243 aa  161  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
245 aa  148  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
242 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
242 aa  142  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  41.32 
 
 
242 aa  141  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  41.32 
 
 
242 aa  141  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
242 aa  140  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  40.59 
 
 
242 aa  137  8.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  39.01 
 
 
247 aa  137  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  37.72 
 
 
241 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  29.65 
 
 
267 aa  78.6  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  27.54 
 
 
267 aa  78.2  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1387  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00489991  normal  0.361581 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1372  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0122562  hitchhiker  0.0000765424 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1914  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000412659  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2095  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000221737  hitchhiker  0.000000256129 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1356  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
282 aa  68.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000135283  normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
265 aa  64.7  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
317 aa  61.2  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
299 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  25.4 
 
 
314 aa  58.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 
299 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
303 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  52.27 
 
 
321 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
320 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
310 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
315 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
295 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
295 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
305 aa  53.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
313 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
311 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
319 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  53.49 
 
 
311 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
293 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
335 aa  52  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
342 aa  52.4  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
298 aa  51.6  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
337 aa  51.2  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  42 
 
 
327 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 
342 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
299 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
345 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
302 aa  48.9  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  30.77 
 
 
300 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 
361 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
299 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
299 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
352 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  27.55 
 
 
293 aa  46.6  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
326 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  51.28 
 
 
366 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  26.72 
 
 
319 aa  45.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
333 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
293 aa  45.4  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  30 
 
 
319 aa  45.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1764  transcriptional regulator GlnR  35 
 
 
123 aa  45.4  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.105299  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  29.67 
 
 
302 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3662  transcriptional regulator, MerR family  41.3 
 
 
150 aa  44.7  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.293998  normal  0.202254 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1234  transcriptional regulator, MerR family  35.56 
 
 
134 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
335 aa  43.9  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2116  transcriptional regulator, MerR family  44.19 
 
 
133 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21300  putative transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 
126 aa  42.4  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.282314  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0875  glutamine synthetase repressor  35.59 
 
 
121 aa  42  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05520  predicted transcriptional regulator  30.14 
 
 
144 aa  42  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
282 aa  42  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1647  MerR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
97 aa  41.2  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.760593 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>