More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0445 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.27 
 
 
275 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.91 
 
 
275 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  95.97 
 
 
274 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.64 
 
 
275 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.05 
 
 
275 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  89.82 
 
 
276 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  90.84 
 
 
273 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.48 
 
 
273 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  89.09 
 
 
276 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.11 
 
 
274 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.92 
 
 
279 aa  361  8e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  69.03 
 
 
289 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  69.03 
 
 
289 aa  359  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  69.03 
 
 
279 aa  358  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.92 
 
 
279 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  69.92 
 
 
279 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  68.28 
 
 
279 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.4 
 
 
281 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.4 
 
 
281 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.4 
 
 
281 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.03 
 
 
281 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.03 
 
 
278 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  69.03 
 
 
278 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.28 
 
 
278 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.91 
 
 
278 aa  332  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
272 aa  329  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.2 
 
 
272 aa  326  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.98 
 
 
279 aa  325  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.68 
 
 
272 aa  326  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.52 
 
 
278 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  68.8 
 
 
272 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.85 
 
 
279 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.45 
 
 
275 aa  319  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.29 
 
 
278 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  66.12 
 
 
282 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  66.12 
 
 
282 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.12 
 
 
282 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  65.53 
 
 
275 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
278 aa  302  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
278 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.81 
 
 
275 aa  297  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
270 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.13 
 
 
274 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.96 
 
 
391 aa  291  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.4 
 
 
281 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  53.76 
 
 
282 aa  289  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  55.08 
 
 
275 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.21 
 
 
280 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
302 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
302 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
317 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
317 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.58 
 
 
337 aa  269  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54 
 
 
284 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
302 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
311 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
284 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
261 aa  215  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 
261 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.02 
 
 
258 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.88 
 
 
264 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  49.79 
 
 
242 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
269 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.54 
 
 
262 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
268 aa  196  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 
597 aa  195  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.29 
 
 
269 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
268 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
269 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.35 
 
 
275 aa  192  7e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
268 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
269 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
272 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
596 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  45.37 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
266 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  41.03 
 
 
271 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.27 
 
 
261 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
588 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.28 
 
 
271 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
267 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
587 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1815  ABC transporter permease  78.07 
 
 
118 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
591 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
266 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
266 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1814  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.22 
 
 
167 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.272424  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  37.6 
 
 
265 aa  172  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
262 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.96 
 
 
266 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  38.25 
 
 
281 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
265 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
267 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
265 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  43.03 
 
 
259 aa  168  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
264 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
669 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>