62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2502 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  100 
 
 		 107 aa  214  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  35 
 
 		 99 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  35.29 
 
 		 99 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  33 
 
 		 99 aa  66.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  35.11 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  35.29 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  43.9 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  32.53 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6504  conjugal transfer protein TrbD  32.18 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136548  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  42.05 
 
 		 90 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  41.57 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2227  conjugal transfer protein TrbD  30.53 
 
 		 106 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00500311  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4272  conjugal transfer protein TrbD  32.18 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6633  conjugal transfer protein TrbD  32.18 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000138876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  42.68 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  42.68 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  40.91 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  40.24 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  42.68 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  41.25 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  40.24 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  39.02 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  37.08 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  41.25 
 
 		 89 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0049  conjugal transfer protein TrbD  31.82 
 
 		 104 aa  57  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635043  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  38.2 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  39.02 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  40 
 
 		 89 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  40.24 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1618  Conjugal transfer TrbD family protein  32.56 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  41.03 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  37.65 
 
 		 89 aa  51.2  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  35.29 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0246  hypothetical protein  38.04 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  36.78 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  36.9 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  35.71 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  37.97 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1637  conjugal transfer protein TrbD, putative  36.78 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1338  hypothetical protein  36.78 
 
 		 125 aa  47.8  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.114176 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  34.09 
 
 		 91 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  35.63 
 
 		 90 aa  47  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  39.47 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  32.61 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  34.52 
 
 		 93 aa  46.2  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  38.16 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  36.36 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  32.94 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  39.47 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  35.53 
 
 		 93 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  33.33 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  32.53 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  35.53 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  33.33 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  33.33 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  34.57 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  36.36 
 
 		 91 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  32.89 
 
 		 87 aa  41.2  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  34.21 
 
 		 93 aa  41.2  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  34.21 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  33.33 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  28.4 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>