166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4555 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 403 aa  806    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  66.24 
 
 		 428 aa  528  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  54.68 
 
 		 411 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  55.31 
 
 		 408 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  55.17 
 
 		 412 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  55.22 
 
 		 408 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  56.59 
 
 		 412 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.19 
 
 		 412 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.48 
 
 		 412 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  48.91 
 
 		 433 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0756  PepSY-associated TM helix  46.1 
 
 		 439 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.47 
 
 		 433 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2382  PepSY-associated TM helix  45.16 
 
 		 428 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138441  normal  0.964791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  46.75 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  47.23 
 
 		 433 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  46.77 
 
 		 446 aa  360  3e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.36 
 
 		 409 aa  355  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  43 
 
 		 392 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  42.71 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32750  hypothetical protein  42.2 
 
 		 382 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196352  hitchhiker  0.0000232684 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  37.95 
 
 		 427 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  32.39 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  28.22 
 
 		 426 aa  138  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  28.14 
 
 		 393 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  26.92 
 
 		 432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  26.96 
 
 		 840 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  27.94 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  25.06 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.32 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  27.92 
 
 		 370 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  25.18 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 369 aa  93.6  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.28 
 
 		 444 aa  92.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25 
 
 		 850 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.94 
 
 		 851 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.46 
 
 		 849 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  27.25 
 
 		 408 aa  89.4  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.7 
 
 		 850 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.61 
 
 		 842 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  25.55 
 
 		 822 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.37 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  25.77 
 
 		 850 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.52 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  25 
 
 		 406 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  25.51 
 
 		 850 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.04 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.06 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.16 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  24.05 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  20.51 
 
 		 388 aa  72.8  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.77 
 
 		 543 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.9 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.06 
 
 		 435 aa  71.2  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.3 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  21.38 
 
 		 384 aa  71.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.09 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.75 
 
 		 525 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  24.16 
 
 		 362 aa  69.3  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.42 
 
 		 575 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.69 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.62 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.14 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  22.62 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.33 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.86 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.68 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  22.84 
 
 		 407 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.02 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.5 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.01 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  23.21 
 
 		 403 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 		 376 aa  64.7  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  24.68 
 
 		 783 aa  63.9  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.98 
 
 		 843 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22.11 
 
 		 496 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.05 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  26.52 
 
 		 1117 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  25.94 
 
 		 844 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 501 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  20.34 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  27.43 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  23.59 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.83 
 
 		 371 aa  62.4  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.3 
 
 		 519 aa  61.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.74 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  26.23 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.49 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.33 
 
 		 497 aa  60.1  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  22 
 
 		 377 aa  59.3  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  23.87 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.51 
 
 		 840 aa  57.4  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.92 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.42 
 
 		 486 aa  57  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  27.9 
 
 		 380 aa  57  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  25.81 
 
 		 388 aa  57.4  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  23.87 
 
 		 398 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.52 
 
 		 456 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  22.88 
 
 		 397 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>