More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3711 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  70.96 
 
 		 306 aa  434  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 306 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  73.31 
 
 		 307 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  72.3 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  70.53 
 
 		 309 aa  401  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  59.2 
 
 		 319 aa  349  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 299 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 299 aa  335  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  56.91 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  56.91 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 296 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 300 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 302 aa  316  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 354 aa  315  6e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 296 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  55.63 
 
 		 321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.82 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 323 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 307 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  295  9e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 308 aa  291  8e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  51.02 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 310 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 308 aa  288  9e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  286  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 319 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  47.85 
 
 		 307 aa  275  5e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 323 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  43.54 
 
 		 307 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  43.14 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  43.05 
 
 		 302 aa  258  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 331 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 311 aa  234  9e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  39.32 
 
 		 311 aa  235  9e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 327 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 310 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 341 aa  218  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.39 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.02 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 327 aa  186  6e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>