100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3306 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3306  aldose 1-epimerase  100 
 
 		 291 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1199  aldose 1-epimerase  58.82 
 
 		 289 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1165  aldose 1-epimerase  58.82 
 
 		 289 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0252324 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0896  aldose 1-epimerase  56.06 
 
 		 293 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.320638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4246  aldose 1-epimerase  57.09 
 
 		 289 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1047  hypothetical protein  54.83 
 
 		 293 aa  328  7e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1183  aldose 1-epimerase  54.98 
 
 		 305 aa  321  8e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  normal  0.174259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51460  aldose 1-epimerase  45.1 
 
 		 285 aa  258  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3405  Aldose 1-epimerase  38.75 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237068  normal  0.0908294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0551  putative aldose-1-epimerase  39.15 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530428  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2610  aldose 1-epimerase  37.37 
 
 		 352 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.169817 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1183  aldose 1-epimerase  39.38 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0402  hypothetical protein  38.7 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0550  aldose 1-epimerase  37.72 
 
 		 353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0177374  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3303  hypothetical protein  38.7 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2482  hypothetical protein  38.7 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283645  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0526  aldose 1-epimerase  37.37 
 
 		 353 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1262  hypothetical protein  38.7 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3479  aldose 1-epimerase  38.01 
 
 		 357 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329911  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3482  aldose 1-epimerase family protein  38.36 
 
 		 357 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3444  aldose 1-epimerase family protein  38.36 
 
 		 357 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381459  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2760  aldose 1-epimerase  37.98 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.385741 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0593  aldose 1-epimerase  36.68 
 
 		 353 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112152 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0142  aldose 1-epimerase  36.68 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0625  aldose 1-epimerase  36.68 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417593  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3707  aldose 1-epimerase  37.72 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405661  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2260  aldose 1-epimerase  36.21 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420753  unclonable  0.0000000181907 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2583  Aldose 1-epimerase  35.89 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0912  aldose 1-epimerase  36.81 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2993  Aldose 1-epimerase  35.19 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.778062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2754  hypothetical protein  34.84 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.494847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4225  aldose 1-epimerase  36.7 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.387725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5831  aldose 1-epimerase  34.48 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0718685  normal  0.204267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1886  aldose 1-epimerase  32.87 
 
 		 382 aa  139  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.369459  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02436  hypothetical protein  32.58 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2696  aldose 1-epimerase family protein  32.58 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2829  aldose 1-epimerase family protein  32.58 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1124  Aldose 1-epimerase  32.58 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02400  hypothetical protein  32.58 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6249  Aldose 1-epimerase  33.07 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2697  aldose 1-epimerase family protein  32.58 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3776  aldose 1-epimerase family protein  32.21 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1133  aldose 1-epimerase  32.21 
 
 		 290 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0324  Aldose 1-epimerase  31.46 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.296431 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3762  Aldose 1-epimerase  33.45 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.993298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3474  Aldose 1-epimerase  32.65 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.84486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0628  aldose 1-epimerase  31.58 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.247972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0383  Aldose 1-epimerase  30.34 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4338  hypothetical protein  29.07 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2029  aldose 1-epimerase  29.71 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.99913  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2372  aldose 1-epimerase  29.77 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1585  Aldose 1-epimerase  28.67 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.309256 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5533  Aldose 1-epimerase  27.81 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1015  Aldose 1-epimerase  25.91 
 
 		 311 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1083  hypothetical protein  28.28 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000316766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2023  aldose 1-epimerase  27.65 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0696  Aldose 1-epimerase  27.24 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00129327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0950  Aldose 1-epimerase  26.34 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0322782 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0149  Aldose 1-epimerase  25.89 
 
 		 336 aa  72.4  0.000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0125238 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0702  Aldose 1-epimerase  27.65 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0739  Aldose 1-epimerase  26.46 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.220443  normal  0.0861855 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0256  aldose 1-epimerase  22.22 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0100614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4109  aldose 1-epimerase family protein  27.81 
 
 		 295 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0163943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4134  aldose 1-epimerase  27.81 
 
 		 295 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4362  aldose 1-epimerase family protein  27.81 
 
 		 295 aa  53.1  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5648  Aldose 1-epimerase  23.49 
 
 		 327 aa  53.1  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1278  Aldose 1-epimerase  27.61 
 
 		 307 aa  52.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.265427  normal  0.286232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1897  aldose 1-epimerase  24.86 
 
 		 290 aa  49.3  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1895  aldose 1-epimerase family protein  27.33 
 
 		 306 aa  48.1  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0295  aldose 1-epimerase family protein  27.33 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1048  aldose 1-epimerase  26.57 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1674  aldose 1-epimerase  23.73 
 
 		 325 aa  46.2  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.416242  hitchhiker  0.00123529 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4264  aldose-1-epimerase family protein  26.54 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2973  Aldose 1-epimerase  26.09 
 
 		 303 aa  45.8  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000377273  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2997  Aldose 1-epimerase  27.27 
 
 		 302 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0341  hypothetical protein  26.87 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0129032  normal  0.126375 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3398  aldose 1-epimerase  24.54 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4297  aldose-1-epimerase family protein  25.3 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4343  aldose-1-epimerase family protein  25.3 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4252  aldose-1-epimerase family protein  25.3 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18071  galactose mutarotase  22.29 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4435  Aldose 1-epimerase  26.38 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.340797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03764  predicted aldose-1-epimerase  26.22 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4402  aldose-1-epimerase family protein  26.83 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4107  Aldose 1-epimerase  26.22 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03713  hypothetical protein  26.22 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1235  Aldose 1-epimerase  26.46 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000417318 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5039  Aldose 1-epimerase  21.51 
 
 		 312 aa  43.9  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3760  Aldose 1-epimerase  20.66 
 
 		 290 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00879497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0638  aldose 1-epimerase  22.71 
 
 		 300 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221019 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3707  Aldose 1-epimerase  20.66 
 
 		 290 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0866  Aldose 1-epimerase  25.66 
 
 		 306 aa  43.5  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.104082  normal  0.0514904 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0044  Aldose 1-epimerase  26.67 
 
 		 311 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17901  galactose mutarotase-like protein  22.16 
 
 		 284 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.41246  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1690  hypothetical protein  22.4 
 
 		 284 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.400821  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5326  aldose-1-epimerase family protein  26.22 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.6155 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0246  Aldose 1-epimerase  31.87 
 
 		 292 aa  42.7  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0595936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0761  aldose 1-epimerase  25.75 
 
 		 299 aa  42.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8681  Aldose 1-epimerase  27.99 
 
 		 303 aa  42.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0156  hypothetical protein  25.79 
 
 		 284 aa  42.4  0.01  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.42374  normal  0.0793834 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>