136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5831 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5831  aldose 1-epimerase  100 
 
 
293 aa  594  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0718685  normal  0.204267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0912  aldose 1-epimerase  42.86 
 
 
295 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3405  Aldose 1-epimerase  41.81 
 
 
353 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237068  normal  0.0908294 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2610  aldose 1-epimerase  41.24 
 
 
352 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.169817 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1183  aldose 1-epimerase  43.36 
 
 
357 aa  208  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0551  putative aldose-1-epimerase  42.75 
 
 
297 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530428  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3444  aldose 1-epimerase family protein  42.66 
 
 
357 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3482  aldose 1-epimerase family protein  42.66 
 
 
357 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2482  hypothetical protein  42.66 
 
 
357 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283645  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0402  hypothetical protein  42.66 
 
 
357 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3303  hypothetical protein  42.66 
 
 
357 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3479  aldose 1-epimerase  42.31 
 
 
357 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1262  hypothetical protein  42.66 
 
 
344 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0593  aldose 1-epimerase  41.34 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.112152 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2760  aldose 1-epimerase  41.34 
 
 
353 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.385741 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0142  aldose 1-epimerase  40.99 
 
 
353 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0625  aldose 1-epimerase  40.99 
 
 
353 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417593  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0526  aldose 1-epimerase  40.64 
 
 
353 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2583  Aldose 1-epimerase  40.69 
 
 
294 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0550  aldose 1-epimerase  40.28 
 
 
353 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0177374  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2993  Aldose 1-epimerase  40.69 
 
 
294 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.778062  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3707  aldose 1-epimerase  40.99 
 
 
353 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405661  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2754  hypothetical protein  40.07 
 
 
296 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.494847  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1183  aldose 1-epimerase  35.93 
 
 
305 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  normal  0.174259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0896  aldose 1-epimerase  35.71 
 
 
293 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.320638 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3474  Aldose 1-epimerase  36.78 
 
 
296 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.84486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51460  aldose 1-epimerase  35.52 
 
 
285 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4246  aldose 1-epimerase  36.43 
 
 
289 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3762  Aldose 1-epimerase  35.95 
 
 
296 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.993298  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6249  Aldose 1-epimerase  35.15 
 
 
296 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3306  aldose 1-epimerase  34.48 
 
 
291 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02436  hypothetical protein  33.44 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1124  Aldose 1-epimerase  33.44 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2696  aldose 1-epimerase family protein  33.44 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2829  aldose 1-epimerase family protein  33.44 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02400  hypothetical protein  33.44 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1199  aldose 1-epimerase  35.52 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1165  aldose 1-epimerase  35.52 
 
 
289 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0252324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1047  hypothetical protein  33.22 
 
 
293 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1133  aldose 1-epimerase  33.11 
 
 
290 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2697  aldose 1-epimerase family protein  34 
 
 
290 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2260  aldose 1-epimerase  32.52 
 
 
356 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420753  unclonable  0.0000000181907 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3776  aldose 1-epimerase family protein  33.11 
 
 
290 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4225  aldose 1-epimerase  29.87 
 
 
295 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.387725  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1585  Aldose 1-epimerase  31.97 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.309256 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2372  aldose 1-epimerase  30.61 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0696  Aldose 1-epimerase  31.33 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00129327 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4338  hypothetical protein  31.1 
 
 
310 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0628  aldose 1-epimerase  33.1 
 
 
282 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.247972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1886  aldose 1-epimerase  29.21 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.369459  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0324  Aldose 1-epimerase  29.9 
 
 
299 aa  116  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.296431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0383  Aldose 1-epimerase  29.43 
 
 
302 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0950  Aldose 1-epimerase  29.92 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0322782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2029  aldose 1-epimerase  27.72 
 
 
311 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.99913  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1083  hypothetical protein  31.25 
 
 
323 aa  94.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000316766  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1015  Aldose 1-epimerase  29.1 
 
 
311 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2023  aldose 1-epimerase  27.12 
 
 
298 aa  89.7  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5533  Aldose 1-epimerase  30.61 
 
 
308 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4109  aldose 1-epimerase family protein  26.47 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0163943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4134  aldose 1-epimerase  26.47 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4362  aldose 1-epimerase family protein  27.11 
 
 
295 aa  81.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0149  Aldose 1-epimerase  28.34 
 
 
336 aa  77.8  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0125238 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1897  aldose 1-epimerase  28.11 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0702  Aldose 1-epimerase  27.18 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1278  Aldose 1-epimerase  30.6 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.265427  normal  0.286232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1267  Aldose 1-epimerase  28.83 
 
 
301 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.560353  hitchhiker  0.00115827 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2660  aldose 1-epimerase  24.5 
 
 
306 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0844306  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4264  aldose-1-epimerase family protein  25.88 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0523  Aldose 1-epimerase  32.68 
 
 
290 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03764  predicted aldose-1-epimerase  25.11 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4107  Aldose 1-epimerase  25.11 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03713  hypothetical protein  25.11 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4277  aldose 1-epimerase  24.1 
 
 
289 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.436668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8681  Aldose 1-epimerase  29.45 
 
 
303 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4402  aldose-1-epimerase family protein  24.5 
 
 
300 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0761  aldose 1-epimerase  27.45 
 
 
299 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2489  Aldose 1-epimerase  32.08 
 
 
308 aa  61.2  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5326  aldose-1-epimerase family protein  24.23 
 
 
300 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.6155 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3303  putative aldose-1-epimerase  25.29 
 
 
297 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.575493 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2057  aldose 1-epimerase  22.89 
 
 
305 aa  59.7  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.107394  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3963  aldose 1-epimerase  23.98 
 
 
286 aa  59.7  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.87118  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2241  Aldose 1-epimerase  25.11 
 
 
291 aa  58.9  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.61015 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4435  Aldose 1-epimerase  26.72 
 
 
303 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.340797 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0173  galactose mutarotase-like protein  25.76 
 
 
294 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630537  hitchhiker  0.00000000000000230696 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0559  Aldose 1-epimerase  29.09 
 
 
262 aa  56.6  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27460  galactose mutarotase-like enzyme  26.32 
 
 
334 aa  55.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0866  Aldose 1-epimerase  34.68 
 
 
306 aa  54.7  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.104082  normal  0.0514904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1048  aldose 1-epimerase  25.37 
 
 
297 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33650  galactose mutarotase-like enzyme  25.55 
 
 
318 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1300  aldose 1-epimerase  27.36 
 
 
303 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372594  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2454  aldose 1-epimerase  26.51 
 
 
307 aa  53.5  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4461  aldose 1-epimerase  27.53 
 
 
303 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.259661  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0656  aldose-1-epimerase  27.27 
 
 
314 aa  53.1  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.629793  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1895  aldose 1-epimerase family protein  29.63 
 
 
306 aa  53.1  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0295  aldose 1-epimerase family protein  29.63 
 
 
295 aa  53.1  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0225  galactose mutarotase  26.42 
 
 
314 aa  53.1  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000500571  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3760  Aldose 1-epimerase  23.73 
 
 
290 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00879497  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3707  Aldose 1-epimerase  23.73 
 
 
290 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2997  Aldose 1-epimerase  33.92 
 
 
302 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4252  aldose-1-epimerase family protein  25.43 
 
 
295 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>