136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1083 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1083  hypothetical protein  100 
 
 		 323 aa  642    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000316766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0950  Aldose 1-epimerase  70.3 
 
 		 311 aa  428  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0322782 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1015  Aldose 1-epimerase  70.3 
 
 		 311 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5533  Aldose 1-epimerase  44.33 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2029  aldose 1-epimerase  35.18 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.99913  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2372  aldose 1-epimerase  34.43 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0383  Aldose 1-epimerase  35.67 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1886  aldose 1-epimerase  34.94 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.369459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0628  aldose 1-epimerase  34.58 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.247972 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0324  Aldose 1-epimerase  34.94 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.296431 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1585  Aldose 1-epimerase  32.47 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.309256 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4338  hypothetical protein  33.67 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2754  hypothetical protein  34.3 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.494847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2023  aldose 1-epimerase  31.86 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2760  aldose 1-epimerase  33.44 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.385741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3405  Aldose 1-epimerase  31.65 
 
 		 353 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237068  normal  0.0908294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0550  aldose 1-epimerase  33.11 
 
 		 353 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0177374  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0593  aldose 1-epimerase  33.11 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112152 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0142  aldose 1-epimerase  32.78 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0526  aldose 1-epimerase  33.11 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0625  aldose 1-epimerase  32.78 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417593  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0551  putative aldose-1-epimerase  31.62 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530428  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0912  aldose 1-epimerase  35.29 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0696  Aldose 1-epimerase  31.48 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00129327 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3479  aldose 1-epimerase  33.01 
 
 		 357 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329911  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2482  hypothetical protein  33 
 
 		 357 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283645  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3707  aldose 1-epimerase  33.22 
 
 		 353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405661  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0402  hypothetical protein  33 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1262  hypothetical protein  33 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3444  aldose 1-epimerase family protein  33 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3482  aldose 1-epimerase family protein  33 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3303  hypothetical protein  33 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2610  aldose 1-epimerase  31.25 
 
 		 352 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.169817 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51460  aldose 1-epimerase  28.72 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2583  Aldose 1-epimerase  31.53 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1183  aldose 1-epimerase  33.01 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4225  aldose 1-epimerase  29.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.387725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2993  Aldose 1-epimerase  30.51 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.778062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6249  Aldose 1-epimerase  27.18 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3762  Aldose 1-epimerase  30.17 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.993298  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0149  Aldose 1-epimerase  28.81 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0125238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1165  aldose 1-epimerase  30.71 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0252324 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02436  hypothetical protein  27.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1124  Aldose 1-epimerase  27.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2696  aldose 1-epimerase family protein  27.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2829  aldose 1-epimerase family protein  27.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02400  hypothetical protein  27.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2697  aldose 1-epimerase family protein  27.83 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0702  Aldose 1-epimerase  30.23 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1199  aldose 1-epimerase  30.29 
 
 		 289 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1133  aldose 1-epimerase  27.78 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3776  aldose 1-epimerase family protein  27.45 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3474  Aldose 1-epimerase  27.8 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.84486 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5831  aldose 1-epimerase  31.25 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0718685  normal  0.204267 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2260  aldose 1-epimerase  27.8 
 
 		 356 aa  92.4  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420753  unclonable  0.0000000181907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4246  aldose 1-epimerase  31.82 
 
 		 289 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1183  aldose 1-epimerase  30.86 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  normal  0.174259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3306  aldose 1-epimerase  28.28 
 
 		 291 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0896  aldose 1-epimerase  28.96 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.320638 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1047  hypothetical protein  28.05 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4134  aldose 1-epimerase  25.52 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4362  aldose 1-epimerase family protein  26.71 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1048  aldose 1-epimerase  27.4 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4109  aldose 1-epimerase family protein  25.52 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0163943  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2660  aldose 1-epimerase  25.1 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0844306  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4297  aldose-1-epimerase family protein  29.02 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4343  aldose-1-epimerase family protein  29.02 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4252  aldose-1-epimerase family protein  29.02 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0226  galactose mutarotase  35.29 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00706113  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3398  aldose 1-epimerase  31.38 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1930  Aldose 1-epimerase  28.78 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.263285  normal  0.479856 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0559  Aldose 1-epimerase  25.32 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0044  Aldose 1-epimerase  38.93 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1897  aldose 1-epimerase  34.01 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1267  Aldose 1-epimerase  30.98 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.560353  hitchhiker  0.00115827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0866  Aldose 1-epimerase  33.06 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.104082  normal  0.0514904 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2489  Aldose 1-epimerase  32.86 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5039  Aldose 1-epimerase  23.74 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0514  aldose 1-epimerase  32.33 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.165305  decreased coverage  0.000622322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2178  Aldose 1-epimerase  26.82 
 
 		 329 aa  62.4  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27460  galactose mutarotase-like enzyme  32.24 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1674  aldose 1-epimerase  37.19 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.416242  hitchhiker  0.00123529 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4230  aldose-1-epimerase family protein  32.41 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4408  aldose-1-epimerase family protein  32.41 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3046  Aldose 1-epimerase  23.28 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.813423  normal  0.148483 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0426  aldose 1-epimerase  32.23 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1458  aldose 1-epimerase  33.33 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1225  Aldose 1-epimerase  28.43 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03764  predicted aldose-1-epimerase  28.39 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4107  Aldose 1-epimerase  28.39 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03713  hypothetical protein  28.39 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33650  galactose mutarotase-like enzyme  27.45 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5326  aldose-1-epimerase family protein  26.32 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.6155 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4435  Aldose 1-epimerase  32.71 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.340797 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4402  aldose-1-epimerase family protein  33.03 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0726  Aldose 1-epimerase  28.06 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1127  aldose 1-epimerase  24.82 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0176464  normal  0.584187 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2182  Aldose 1-epimerase  28.48 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000157648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2454  aldose 1-epimerase  28.78 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4264  aldose-1-epimerase family protein  30 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>