More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3229 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1752  hypothetical protein  83.23 
 
 		 497 aa  856    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1640  hypothetical protein  79.23 
 
 		 498 aa  800    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.616022  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1360  hypothetical protein  83.43 
 
 		 497 aa  855    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0227982  normal  0.362611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3741  hypothetical protein  79.23 
 
 		 498 aa  798    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.733185  decreased coverage  0.00529979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3229  hypothetical protein  100 
 
 		 496 aa  1014    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.11364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4097  polyphosphate:AMP phosphotransferase  82.73 
 
 		 504 aa  847    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34920  hypothetical protein  82.35 
 
 		 494 aa  836    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.195205  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1344  hypothetical protein  83.87 
 
 		 497 aa  860    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.38694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3962  hypothetical protein  83.23 
 
 		 497 aa  857    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.023635 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1672  hypothetical protein  80.65 
 
 		 544 aa  834    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19410  hypothetical protein  80.44 
 
 		 496 aa  833    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.139805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3585  polyphosphate:AMP phosphotransferase  58.3 
 
 		 501 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.699024  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3059  protein of unknown function DUF344  59.8 
 
 		 495 aa  589  1e-167  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000557156  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0728  hypothetical protein  57.55 
 
 		 492 aa  585  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.156252  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1544  hypothetical protein  56.8 
 
 		 521 aa  551  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1113  polyphosphate:AMP phosphotransferase  54.79 
 
 		 497 aa  550  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3178  hypothetical protein  50 
 
 		 493 aa  494  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0223  polyphosphate:AMP phosphotransferase  49.24 
 
 		 534 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1873  hypothetical protein  50.3 
 
 		 497 aa  484  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.771606  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2533  protein of unknown function DUF344  49.29 
 
 		 491 aa  477  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1024  polyphosphate:AMP phosphotransferase  48.31 
 
 		 499 aa  464  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0970051  normal  0.793106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2483  hypothetical protein  49.2 
 
 		 496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0802177  normal  0.278006 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3113  hypothetical protein  46.73 
 
 		 490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0486  protein of unknown function DUF344  46.98 
 
 		 495 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0250  protein of unknown function DUF344  44 
 
 		 497 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.328476 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0493  hypothetical protein  44.6 
 
 		 494 aa  412  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.429622 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0333  protein of unknown function DUF344  42.89 
 
 		 486 aa  396  1e-109  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4140  protein of unknown function DUF344  40.59 
 
 		 496 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4180  protein of unknown function DUF344  40.59 
 
 		 496 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1052  hypothetical protein  40 
 
 		 496 aa  362  7.0000000000000005e-99  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0280365  normal  0.329166 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1989  protein of unknown function DUF344  39.92 
 
 		 490 aa  362  8e-99  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.210937 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2856  polyphosphate:AMP phosphotransferase  39.41 
 
 		 502 aa  360  4e-98  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.10057  hitchhiker  0.00199594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1080  hypothetical protein  36.96 
 
 		 532 aa  345  8e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2786  hypothetical protein  37.22 
 
 		 535 aa  345  8.999999999999999e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1051  hypothetical protein  39 
 
 		 494 aa  339  8e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0734812 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0834  protein of unknown function DUF344  36.84 
 
 		 549 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0787  hypothetical protein  37.52 
 
 		 556 aa  325  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0690  hypothetical protein  36.21 
 
 		 556 aa  323  6e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1612  hypothetical protein  35.77 
 
 		 498 aa  320  5e-86  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0715  polyphosphate:AMP phosphotransferase  36.38 
 
 		 551 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01720  hypothetical protein  34.73 
 
 		 549 aa  313  6.999999999999999e-84  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0721  protein of unknown function DUF344  34.78 
 
 		 578 aa  305  1.0000000000000001e-81  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000055361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1576  protein of unknown function DUF344  33.11 
 
 		 492 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000036062  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2140  hypothetical protein  34.06 
 
 		 474 aa  267  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1100  hypothetical protein  51.93 
 
 		 288 aa  249  9e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00431541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3513  UDP-galactose-lipid carrier transferase  52.12 
 
 		 267 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1829  UDP-galactose-lipid carrier transferase  51.69 
 
 		 267 aa  244  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1909  hypothetical protein  49.79 
 
 		 270 aa  240  5e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04180  hypothetical protein  53.24 
 
 		 609 aa  238  2e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.648389  normal  0.925232 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1945  hypothetical protein  49.36 
 
 		 270 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.180393  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1685  hypothetical protein  50.22 
 
 		 270 aa  233  5e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1644  UDP-galactose-lipid carrier transferase  49.36 
 
 		 270 aa  233  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1868  hypothetical protein  49.36 
 
 		 270 aa  233  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.00208e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1668  UDP-galactose-lipid carrier transferase  49.36 
 
 		 270 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1688  hypothetical protein  49.36 
 
 		 254 aa  232  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1823  hypothetical protein  49.36 
 
 		 254 aa  232  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.180216  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4840  protein of unknown function DUF344  49.17 
 
 		 259 aa  231  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1433  hypothetical protein  51.18 
 
 		 270 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0309  hypothetical protein  48.48 
 
 		 308 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3985  protein of unknown function DUF344  46.67 
 
 		 258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3210  hypothetical protein  47.9 
 
 		 264 aa  213  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0044  hypothetical protein  49.31 
 
 		 261 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000123179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1749  hypothetical protein  47.95 
 
 		 263 aa  206  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.462127  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01607  UDP-galactose-lipid carrier transferase MED92  45.02 
 
 		 279 aa  200  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4500  hypothetical protein  40.65 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0981  polyphosphate kinase 2  37.95 
 
 		 262 aa  177  5e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1858  hypothetical protein  40.18 
 
 		 375 aa  176  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16850  hypothetical protein  45.16 
 
 		 329 aa  176  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.502638  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1833  hypothetical protein  38.57 
 
 		 263 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.795184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0772  hypothetical protein  41.2 
 
 		 303 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.621258 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4762  hypothetical protein  39.45 
 
 		 383 aa  172  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0013  hypothetical protein  42.59 
 
 		 299 aa  170  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1595  putative polyphosphate kinase 2  36.54 
 
 		 289 aa  170  6e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560788  normal  0.483146 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2168  hypothetical protein  38.91 
 
 		 294 aa  169  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.219464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0380  hypothetical protein  43.56 
 
 		 314 aa  169  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01037  hypothetical protein  38.01 
 
 		 256 aa  169  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2058  polyphosphate kinase 2 superfamily protein  38.46 
 
 		 269 aa  169  1e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000117071  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1162  hypothetical protein  37.84 
 
 		 365 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1356  protein of unknown function DUF344  36.57 
 
 		 293 aa  168  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.442869  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0262  hypothetical protein  38.01 
 
 		 258 aa  168  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.322774  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2217  hypothetical protein  39.82 
 
 		 391 aa  168  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326652 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1311  hypothetical protein  41.75 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.833916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0718  protein of unknown function DUF344  43.01 
 
 		 260 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15403  normal  0.613775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4178  hypothetical protein  42.11 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.622827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1067  hypothetical protein  41.75 
 
 		 337 aa  168  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37617  normal  0.971255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0218  hypothetical protein  36.15 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.816676  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0141  hypothetical protein  38.53 
 
 		 393 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34890  hypothetical protein  38.77 
 
 		 305 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0574306  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3677  hypothetical protein  41.01 
 
 		 274 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4422  hypothetical protein  38.46 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2353  hypothetical protein  37.66 
 
 		 294 aa  167  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146636  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0751  protein of unknown function DUF344  39.72 
 
 		 314 aa  167  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000230323  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0117  hypothetical protein  36.06 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.249433 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04552  transcriptional regulator  38.43 
 
 		 260 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.552506  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6349  protein of unknown function DUF344  39.64 
 
 		 304 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2934  hypothetical protein  40.93 
 
 		 318 aa  166  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.367284 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4684  hypothetical protein  38.01 
 
 		 367 aa  166  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0814  hypothetical protein  37.9 
 
 		 292 aa  166  8e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0703207  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1572  hypothetical protein  38.3 
 
 		 322 aa  166  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0713736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01730  hypothetical protein  37.61 
 
 		 298 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0103063  normal  0.483581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>