More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1510 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  627  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 311 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  61.44 
 
 		 310 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  60.98 
 
 		 308 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  60.86 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 312 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 312 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  57.33 
 
 		 307 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.35 
 
 		 307 aa  349  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  58.17 
 
 		 312 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 328 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  52.77 
 
 		 307 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 305 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2748  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 344 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0634  transcription regulator protein  35.96 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 349 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>