More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3087 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3087  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 686 aa  1401    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1226  DNA polymerase I  32.27 
 
 		 893 aa  107  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.826859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0069  DNA polymerase I  31.21 
 
 		 953 aa  106  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512123  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3011  DNA polymerase I  31.58 
 
 		 920 aa  107  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.128275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3057  DNA polymerase I  31.58 
 
 		 920 aa  107  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.826907 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1024  DNA polymerase I  29.48 
 
 		 868 aa  105  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1059  DNA polymerase I  34.16 
 
 		 921 aa  104  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000233773  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11645  DNA polymerase I  31.23 
 
 		 904 aa  102  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.693039 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1621  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 945 aa  101  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.924074 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3564  DNA polymerase I  30.88 
 
 		 908 aa  101  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0954216  normal  0.139495 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1841  DNA polymerase I  31.82 
 
 		 885 aa  101  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3361  DNA polymerase I  30.39 
 
 		 909 aa  100  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  31.77 
 
 		 899 aa  100  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  31.77 
 
 		 899 aa  100  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3201  DNA polymerase I  31.52 
 
 		 912 aa  100  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  31.35 
 
 		 907 aa  100  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2200  DNA polymerase I  32.27 
 
 		 910 aa  100  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.759934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  29.53 
 
 		 931 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  28.76 
 
 		 921 aa  99  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  30.54 
 
 		 913 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  30.2 
 
 		 917 aa  97.4  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1189  DNA polymerase I  31.52 
 
 		 929 aa  97.4  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3026  DNA polymerase I  30.61 
 
 		 929 aa  97.8  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.248484  normal  0.0929498 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  28.52 
 
 		 903 aa  97.4  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14980  DNA polymerase I  30.43 
 
 		 904 aa  97.4  8e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0168327  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5532  DNA polymerase I  31.1 
 
 		 888 aa  97.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  27.96 
 
 		 850 aa  97.1  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  29.96 
 
 		 908 aa  97.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2445  DNA polymerase I  29.41 
 
 		 917 aa  96.7  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2404  DNA polymerase I  31.75 
 
 		 845 aa  97.1  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.405127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  29.79 
 
 		 941 aa  96.3  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0344  DNA polymerase I  28.76 
 
 		 925 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2534  DNA polymerase I  27.57 
 
 		 926 aa  96.3  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1403  DNA polymerase I  29.97 
 
 		 878 aa  95.5  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0077  DNA polymerase I  26.01 
 
 		 896 aa  95.1  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.586313  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  28.37 
 
 		 956 aa  95.1  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1172  DNA-directed DNA polymerase I  26.6 
 
 		 903 aa  95.1  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.813063  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0765  DNA polymerase I  31.41 
 
 		 930 aa  95.1  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  26.99 
 
 		 934 aa  94.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  29.43 
 
 		 1013 aa  94.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  28.01 
 
 		 988 aa  94.4  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2063  DNA polymerase I  31.27 
 
 		 955 aa  94.4  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.045949  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20220  DNA polymerase I  28.98 
 
 		 901 aa  94.4  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.232173 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3011  DNA polymerase I  28.79 
 
 		 957 aa  94.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2224  DNA polymerase I  28.88 
 
 		 846 aa  94.4  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.817961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1200  DNA polymerase I  26.6 
 
 		 903 aa  93.2  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0194  DNA polymerase I  29.64 
 
 		 953 aa  93.2  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 926 aa  93.2  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  28.72 
 
 		 943 aa  93.2  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1666  DNA polymerase I  29.18 
 
 		 907 aa  93.6  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0551454 
 
 
-
 
NC_002936  DET1391  DNA-directed DNA polymerase I  26.24 
 
 		 903 aa  93.2  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.958554  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  29.56 
 
 		 940 aa  93.2  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  28.17 
 
 		 1022 aa  92.8  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  31.02 
 
 		 893 aa  92.4  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04860  DNA polymerase I  30.22 
 
 		 870 aa  92.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  27.66 
 
 		 928 aa  92.8  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1637  DNA polymerase I  27.41 
 
 		 936 aa  92  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  27.05 
 
 		 932 aa  92.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  27.05 
 
 		 932 aa  92  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  27.05 
 
 		 932 aa  92  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  92  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0558  DNA polymerase I  26.6 
 
 		 885 aa  91.7  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.851525  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3037  DNA polymerase I  29.24 
 
 		 902 aa  91.7  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000203838  normal  0.011117 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  26.74 
 
 		 928 aa  91.7  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25960  DNA polymerase I  30.77 
 
 		 901 aa  91.3  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 926 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 923 aa  91.3  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 926 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 923 aa  91.3  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 926 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  29.5 
 
 		 910 aa  91.3  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 926 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  29.32 
 
 		 923 aa  91.3  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0959  DNA polymerase I  30.07 
 
 		 928 aa  90.9  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.75162 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  26.79 
 
 		 916 aa  90.9  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2019  DNA polymerase I  28.37 
 
 		 885 aa  90.1  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.206031  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0048  DNA polymerase I  27.8 
 
 		 861 aa  90.5  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4612  DNA polymerase I  30.25 
 
 		 930 aa  89.7  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  28.04 
 
 		 956 aa  90.5  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1599  DNA polymerase I  29.5 
 
 		 883 aa  90.1  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  27.9 
 
 		 888 aa  90.1  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2043  DNA polymerase I  31.67 
 
 		 911 aa  90.1  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.307294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  27.91 
 
 		 891 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  27.59 
 
 		 942 aa  89.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  27.24 
 
 		 896 aa  89.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  27.18 
 
 		 935 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1713  DNA polymerase I  30.94 
 
 		 872 aa  89.7  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  26.17 
 
 		 892 aa  89.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0787  DNA polymerase I  28.06 
 
 		 876 aa  89.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1969  DNA polymerase I  31.1 
 
 		 908 aa  89.7  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.223022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1341  DNA polymerase I  26.06 
 
 		 879 aa  89.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2445  DNA polymerase I  26.62 
 
 		 877 aa  89.7  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  26.45 
 
 		 928 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  26.45 
 
 		 928 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>