More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2914 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  56.51 
 
 		 306 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.48 
 
 		 307 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  55.86 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 296 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  52.19 
 
 		 319 aa  299  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 302 aa  295  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  51.2 
 
 		 304 aa  287  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  51.55 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 354 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 321 aa  275  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 309 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.66 
 
 		 311 aa  275  8e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 323 aa  272  6e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  45.97 
 
 		 307 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 302 aa  266  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 304 aa  265  8e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 310 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 331 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 331 aa  258  8e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  40.47 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 309 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  249  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.04 
 
 		 299 aa  245  6e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 305 aa  244  9e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  236  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  39.1 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 311 aa  232  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 325 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 325 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  35.76 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 341 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 310 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 327 aa  224  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.31 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.99 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>