More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1904 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  100 
 
 
255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  86.96 
 
 
257 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  86.17 
 
 
257 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  88.26 
 
 
272 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  87.5 
 
 
257 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  86.17 
 
 
257 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  87.55 
 
 
241 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  79.03 
 
 
258 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  75.7 
 
 
260 aa  394  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  76.08 
 
 
255 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  74.9 
 
 
255 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
254 aa  275  5e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
255 aa  266  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.68 
 
 
249 aa  249  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  52.61 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
255 aa  242  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1364  putative glucose/ribitol dehydrogenase  54.22 
 
 
257 aa  234  8e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.333439999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
267 aa  229  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.563109 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
249 aa  229  4e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.43 
 
 
249 aa  224  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.675189  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03085  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  50.81 
 
 
250 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.14 
 
 
306 aa  222  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.61 
 
 
299 aa  207  1e-52  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
256 aa  207  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
235 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.313186  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
252 aa  203  2e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
254 aa  203  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
249 aa  201  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.22 
 
 
255 aa  199  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.22 
 
 
302 aa  196  2.0000000000000003e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
264 aa  192  5e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0926  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.7 
 
 
256 aa  190  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0904  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.31 
 
 
256 aa  190  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.43 
 
 
225 aa  185  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1912  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
248 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.387305  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
249 aa  155  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.879762  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
241 aa  150  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.40468  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
260 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
252 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05160  oxidoreductase  34.52 
 
 
241 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.65 
 
 
250 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
262 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
266 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
246 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.71 
 
 
246 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.5 
 
 
250 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
259 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
262 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
262 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
250 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  36.36 
 
 
257 aa  136  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
254 aa  135  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
275 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0214725  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
260 aa  135  8e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
252 aa  134  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  36.02 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.84 
 
 
247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
265 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  36.02 
 
 
245 aa  133  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
268 aa  133  3e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
265 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
255 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.14 
 
 
247 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  36.08 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
267 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
262 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
261 aa  132  5e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  38.76 
 
 
246 aa  132  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
246 aa  132  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
253 aa  132  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  36.86 
 
 
256 aa  132  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
250 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
249 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
253 aa  131  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  34.54 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  35.97 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>