More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4577 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  510  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  73.36 
 
 
259 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  73.36 
 
 
259 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  78.29 
 
 
259 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  78.68 
 
 
259 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  72.83 
 
 
259 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  76.45 
 
 
259 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  72.97 
 
 
259 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.36 
 
 
259 aa  363  1e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.36 
 
 
259 aa  363  1e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  72.59 
 
 
259 aa  358  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  68.73 
 
 
259 aa  348  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  66.03 
 
 
263 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
260 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  64.48 
 
 
260 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  63.08 
 
 
260 aa  319  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  57.31 
 
 
261 aa  277  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 
261 aa  267  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  55.51 
 
 
262 aa  259  3e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 
262 aa  258  9e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  51.38 
 
 
260 aa  254  8e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
264 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
264 aa  240  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
264 aa  223  4e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
258 aa  222  4e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.98 
 
 
176 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  44.19 
 
 
264 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  44.19 
 
 
264 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  44.19 
 
 
264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
264 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
264 aa  178  5.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 
258 aa  158  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
262 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
261 aa  156  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
262 aa  152  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
268 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
268 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
268 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  36.36 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
248 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0497  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.91 
 
 
245 aa  126  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  33.33 
 
 
254 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  33.71 
 
 
260 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
262 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0252898  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
263 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
246 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  122  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  122  8e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.27 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.87 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.87 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  31.42 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.06 
 
 
268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.88 
 
 
245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  32.33 
 
 
266 aa  118  7e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  33.21 
 
 
245 aa  118  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
262 aa  118  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  31.64 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
262 aa  117  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.32 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.8 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  31.03 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0745  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  32.56 
 
 
245 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451524  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
246 aa  116  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
263 aa  117  3e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.58 
 
 
248 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
263 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.7 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6325  putative short-chain dehydrogenase  35.42 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.95 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.95 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.21 
 
 
306 aa  115  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
260 aa  115  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.628756 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>