More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4067 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
268 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  73.88 
 
 
268 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.13 
 
 
268 aa  377  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.25 
 
 
268 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.42 
 
 
268 aa  354  5.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  65.3 
 
 
268 aa  328  8e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 
266 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 
266 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  37.88 
 
 
266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  38.26 
 
 
266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
266 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.88 
 
 
266 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.25 
 
 
264 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.4 
 
 
262 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.4 
 
 
275 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  35.86 
 
 
260 aa  159  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
273 aa  156  3e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  38.33 
 
 
244 aa  155  6e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
267 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
281 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.51 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.36 
 
 
275 aa  153  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  35.83 
 
 
273 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
267 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  34.5 
 
 
271 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
271 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  31.7 
 
 
276 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
284 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
275 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
275 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.4 
 
 
256 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
275 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
264 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  36.02 
 
 
256 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
275 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.34 
 
 
257 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  37.45 
 
 
264 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.88 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.6 
 
 
274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.88 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.88 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
272 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  36.52 
 
 
262 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  33.85 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  33.86 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  38.43 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 
271 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  32.18 
 
 
285 aa  145  9e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.2 
 
 
257 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.05 
 
 
281 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.05 
 
 
281 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.05 
 
 
281 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  37.96 
 
 
256 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.65 
 
 
275 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
272 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.25 
 
 
256 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.05 
 
 
281 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
280 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  36.93 
 
 
271 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  36.14 
 
 
266 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
272 aa  142  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  34.4 
 
 
271 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  34.4 
 
 
271 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  34.4 
 
 
271 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  34.4 
 
 
271 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
273 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
588 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.66 
 
 
281 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
272 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00609739  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
271 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
271 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  35.68 
 
 
258 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
259 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.6 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  32.67 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  32.94 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.97 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  37.72 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  38.28 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  31.13 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  35.8 
 
 
259 aa  139  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
272 aa  139  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
270 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  35.8 
 
 
259 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.08 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  33.72 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>