More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3580 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
252 aa  254  8e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.686314  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
251 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0308  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.04 
 
 
255 aa  230  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150139  normal  0.18902 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.98 
 
 
253 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
250 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
257 aa  176  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
251 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
256 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
256 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.28 
 
 
248 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
255 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
255 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.62 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
254 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
251 aa  163  3e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
265 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
253 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
254 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.52 
 
 
245 aa  159  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  158  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.8 
 
 
246 aa  157  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.43 
 
 
255 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
252 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
276 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
257 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
257 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0470  hypothetical protein  41.53 
 
 
254 aa  155  7e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
250 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
256 aa  155  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
248 aa  155  7e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  155  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
257 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
264 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  154  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
245 aa  154  9e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
260 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
259 aa  154  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
261 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
252 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.84 
 
 
259 aa  153  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
255 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
249 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
257 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
254 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
262 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
274 aa  151  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  42.68 
 
 
277 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.4 
 
 
246 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
255 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
271 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
249 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
290 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
266 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
259 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
260 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2429  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.83 
 
 
247 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
247 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  35.94 
 
 
266 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
275 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
241 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1513  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  42.68 
 
 
277 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.729699 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
265 aa  149  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.63 
 
 
241 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
287 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  149  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
248 aa  150  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
246 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.06 
 
 
258 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.18 
 
 
247 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
255 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
245 aa  149  5e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
267 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 
246 aa  149  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
241 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
255 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
254 aa  148  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
256 aa  148  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>