More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0308 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0308  putative short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
255 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150139  normal  0.18902 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.35 
 
 
253 aa  307  9e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
254 aa  263  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
252 aa  258  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
251 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
252 aa  238  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.686314  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  37.9 
 
 
256 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  36 
 
 
254 aa  160  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
245 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
256 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
260 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0505  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
246 aa  158  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00369572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
256 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
255 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
260 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.84 
 
 
259 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2430  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
248 aa  156  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
261 aa  156  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
259 aa  155  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
257 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.36 
 
 
251 aa  155  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.75 
 
 
258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  155  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  38.4 
 
 
258 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 
252 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
272 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
260 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.75 
 
 
258 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 
251 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.78 
 
 
248 aa  152  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
252 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
261 aa  151  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  40.24 
 
 
257 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
265 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
262 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
254 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  33.74 
 
 
254 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
255 aa  150  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  42.74 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
256 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
258 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
257 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
254 aa  148  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.22 
 
 
241 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
274 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1193  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0862  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
255 aa  146  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
241 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
241 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
253 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
263 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
241 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
257 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
253 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
251 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.43 
 
 
245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
264 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.83 
 
 
247 aa  145  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
253 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  33.87 
 
 
254 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
267 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
271 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  40.41 
 
 
277 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
266 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000556027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.59 
 
 
241 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
254 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>