More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1485 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 306 aa  622  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.76 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  37.21 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  33.79 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.76 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.31 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 272 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 1201 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  35.07 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 544 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  34.87 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 462 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  31.03 
 
 		 396 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  33.33 
 
 		 255 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  37 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  36.56 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  29.32 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  29.32 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  29.32 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  35.48 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  29.32 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  35.48 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  29.32 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  29.32 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  31.03 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  35.48 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  35.48 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 530 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0654  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0490278 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.47 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  26.48 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  28.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  28.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  29.32 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 513 aa  62.8  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 285 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>