138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0264 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0264  transport-associated  100 
 
 		 187 aa  367  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.47721  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4133  transport-associated  50.27 
 
 		 188 aa  160  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001941  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  46.96 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  50 
 
 		 175 aa  142  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3707  transport-associated  52.66 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101636  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1415  transport-associated  49.44 
 
 		 184 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3995  transport-associated  45.3 
 
 		 182 aa  131  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000543546  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1317  transport-associated  48.31 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1441  transport-associated  50 
 
 		 184 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1405  transport-associated protein  49.4 
 
 		 184 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2744  transport-associated  53.95 
 
 		 182 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2939  transport-associated  49.4 
 
 		 184 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.537293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2676  transport-associated  53.02 
 
 		 182 aa  121  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2851  transport-associated  53.02 
 
 		 182 aa  121  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884447 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0258  histidine kinase  31.67 
 
 		 222 aa  85.5  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.469068 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  30.77 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0134  transport-associated protein  29.49 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0151  transport-associated  29.49 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  29.1 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0149  transport-associated  31.82 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798997 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  31.79 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  29.1 
 
 		 279 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5094  transport-associated  29.55 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983587  normal  0.219919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  28.29 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  33.33 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  33.12 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  33.12 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  33.12 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  33.12 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  33.12 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  33.33 
 
 		 201 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  29.87 
 
 		 245 aa  57.8  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  32.69 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  32.69 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  32.69 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  33.33 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  32.69 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  32.69 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  32.69 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  34.27 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  34.27 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  34.27 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  32.05 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  32.12 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2966  periplasmic or secreted lipoprotein OsmY  29.84 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  32.64 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2077  transport-associated  32.85 
 
 		 307 aa  54.7  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.735501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  30.86 
 
 		 202 aa  54.3  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  29.87 
 
 		 282 aa  53.5  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3393  periplasmic or secreted lipoprotein  33.83 
 
 		 265 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2814  transport-associated  34.59 
 
 		 266 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0292  transport-associated  34.59 
 
 		 266 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3587  transport-associated  31.78 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0273  transport-associated  33.83 
 
 		 266 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0122562 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3146  transporter, putative  33.08 
 
 		 266 aa  52.4  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4432  transport-associated  29.05 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4565  transport-associated  29.05 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3600  transport-associated  30.41 
 
 		 175 aa  51.6  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2553  hypothetical protein  27.45 
 
 		 278 aa  50.8  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13110  hypothetical protein  29.55 
 
 		 161 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  30.71 
 
 		 217 aa  50.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0218  transport-associated  32.33 
 
 		 265 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.011843 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0199  transport-associated protein  31.58 
 
 		 265 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.89233  unclonable  0.00000000000748386 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2799  transporter, putative  32.33 
 
 		 266 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00116321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0039  phospholipid-binding domain-containing protein  32.33 
 
 		 266 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2437  CBS domain containing protein  29.01 
 
 		 628 aa  49.3  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000875184  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  31.37 
 
 		 199 aa  49.3  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0022  putative phospholipid-binding protein  32.33 
 
 		 266 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0386174  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1744  putative phospholipid-binding protein  32.33 
 
 		 256 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3817  putative phospholipid-binding protein  32.33 
 
 		 266 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.262069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3898  putative phospholipid-binding protein  32.33 
 
 		 266 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3178  putative phospholipid-binding protein  32.33 
 
 		 256 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0125  transport-associated  33.58 
 
 		 267 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  28.35 
 
 		 223 aa  49.3  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  33.03 
 
 		 215 aa  48.5  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1844  transport-associated  33.87 
 
 		 235 aa  48.5  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0204  transport-associated  31.58 
 
 		 265 aa  48.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57510  putative secreted lipoprotein  33.04 
 
 		 192 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  35.23 
 
 		 156 aa  47.8  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0186  hypothetical protein  30.66 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.117611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4998  putative lipoprotein  32.17 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.263747  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  30.46 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0407  transport-associated  32.17 
 
 		 265 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3022  transport-associated  42.86 
 
 		 158 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  0.200341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  33.33 
 
 		 217 aa  45.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2802  transport-associated  36.44 
 
 		 184 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1637  transport-associated  34.19 
 
 		 229 aa  46.2  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0588013 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5303  transport-associated  38.82 
 
 		 112 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.320232  normal  0.0505821 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  27.54 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0353  phospholipid binding protein  26.92 
 
 		 216 aa  45.1  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3328  transport-associated  31.71 
 
 		 217 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.686073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2203  transport-associated  32.47 
 
 		 188 aa  45.1  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.801164  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1978  transport-associated protein  29.49 
 
 		 241 aa  45.1  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4236  transport-associated protein  33.75 
 
 		 175 aa  45.1  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3274  transport-associated protein  32.26 
 
 		 240 aa  45.1  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1310  transport-associated  27.97 
 
 		 179 aa  44.7  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0905482  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0106  hypothetical protein  35.34 
 
 		 190 aa  44.7  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.277757  normal  0.0163837 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0414  OsmY domain-containing protein  31.5 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3875  transport-associated  32.5 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.835805  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2274  transport-associated  40.62 
 
 		 150 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431584  normal  0.766565 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>